ArchAlign: coordinate-free chromatin alignment reveals novel architectures.
ArchAlign: coordinate-free chromatin alignment reveals novel architectures.
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DOI：
10.1186/gb-2010-11-12-r126
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发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Buck MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lai WK;Buck MJ
为了便于识别和表征基因组功能元件，我们开发了一种染色质结构比对算法（ArchAlign）。ArchAlign从来自下一代测序或平铺微阵列方法的高分辨率染色质结构数据集中识别共享的染色质结构模式，用于用户定义的感兴趣区域。我们使用充分表征的功能元件验证了ArchAlign，并使用它来探索人类基因组中CTCF结合位点的染色质结构架构。ArchAlign可在http://www.acsu.buffalo.edu/~mjbuck/ArchAlign.html上免费获得。
To facilitate identification and characterization of genomic functional elements, we have developed a chromatin architecture alignment algorithm (ArchAlign). ArchAlign identifies shared chromatin structural patterns from high-resolution chromatin structural datasets derived from next-generation sequencing or tiled microarray approaches for user defined regions of interest. We validated ArchAlign using well characterized functional elements, and used it to explore the chromatin structural architecture at CTCF binding sites in the human genome. ArchAlign is freely available at http://www.acsu.buffalo.edu/~mjbuck/ArchAlign.html.
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作者：
Kim, Tae Hoon;Abdullaev, Ziedulla K.;Ren, Bing
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