Structural Basis of the Disorder in the Tandem Zinc Finger Domain of the RNA-Binding Protein Tristetraprolin.
Structural Basis of the Disorder in the Tandem Zinc Finger Domain of the RNA-Binding Protein Tristetraprolin.
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DOI：
10.1021/acs.jctc.6b00150
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发表时间：
2016-10-11
影响因子：
5.5
通讯作者：
Massi, Francesca
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tavella, Davide;Deveau, Laura M.;Whitfield, Troy W.;Massi, Francesca
Tristetraprolin（TTP）和TIS 11 d是两种属于CCCH型串联锌指家族的人RNA结合蛋白。在无RNA状态下，TIS 11 d在其两个指中的每一个中配位锌离子，而TTP与N-末端锌指配位单个锌离子。我们之前已经确定了三个残基，位于第二个锌指中短α螺旋的C端一半，它们控制着这两种蛋白质中RNA结合结构域的结构：TTP中的Y151，L152，Q153和TIS 11 d中的H201，T202，I203。在这里，我们使用分子动力学，核磁共振光谱和其他生化方法来研究这三个残基的作用，在RNA结合域的稳定性。我们发现TIS 11 d的C-末端锌指中的T202羟基形成的螺旋内氢键是允许保守的苯丙氨酸和锌配位组氨酸的侧链之间的π - π堆积所必需的。我们证明，TTP中缺乏这种氢键是导致C-末端锌指的锌亲和力降低的原因。
Tristetraprolin (TTP) and TIS11d are two human RNA-binding proteins that belong to the CCCH-type tandem zinc finger family. In the RNA-free state, TIS11d coordinates a zinc ion in each of its two fingers, while TTP coordinates a single zinc ion with the N-terminal zinc finger. We have previously identified three residues, located in the C-terminal half of a short α-helix in the second zinc finger, that control how structured the RNA-binding domain is in these two proteins: Y151, L152, Q153 in TTP and H201, T202, I203 in TIS11d. Here, we have used molecular dynamics, NMR spectroscopy and other biochemical methods to investigate the role of these three residues in the stability of the RNA-binding domain. We found that the intra-helical hydrogen bond formed by the T202 hydroxyl group in the C-terminal zinc finger of TIS11d is necessary to allow for π – π stacking between the side chains of a conserved phenylalanine and the zinc coordinating histidine. We demonstrated that the lack of this hydrogen bond in TTP is responsible for the reduced zinc affinity of the C-terminal zinc finger.
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DOI：
10.1002/prot.340230412
发表时间：
1995-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Frishman, D;Argos, P
通讯作者：
Argos, P
影响因子：
4.8
作者：
Lai, WS;Carballo, E;Blackshear, PJ
通讯作者：
Blackshear, PJ
影响因子：
4.4
作者：
Ogilvie, RL;Abelson, M;Bohjanen, PR
通讯作者：
Bohjanen, PR
影响因子：
4.4
作者：
ESSMANN, U;PERERA, L;PEDERSEN, LG
通讯作者：
PEDERSEN, LG
影响因子：
4.8
作者：
Lai, WS;Kennington, EA;Blackshear, PJ
通讯作者：
Blackshear, PJ