Gene expression profiles of Bapx1 expressing FACS sorted cells from wildtype and Bapx1-EGFP null mouse embryos.
Gene expression profiles of Bapx1 expressing FACS sorted cells from wildtype and Bapx1-EGFP null mouse embryos.
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来自野生型和 Bapx1-EGFP null 小鼠胚胎的表达 Bapx1 的 FACS 分选细胞的基因表达谱。
DOI：
10.1016/j.gdata.2015.05.031
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lufkin,Thomas
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chatterjee,Sumantra;Sivakamasundari,V;Kraus,Petra;Yap,SookPeng;Kumar,Vibhor;Prabhakar,Shyam;Lufkin,Thomas
本文所描述的数据引用Chatterjee et al.（2015）“多种组织的体内全基因组分析鉴定了bapx1及其与sox9在哺乳动物脊柱中的基因调控网络、新功能和下游调控基因”（GEO GSE35649）[1]。转录谱分析结合基因组宽结合数据是阐明脊椎动物器官发生背后的分子机制的有力工具。它还有助于揭示单个基因在不同器官中的多重作用。在上述报告中，我们揭示了同源盒基因bapx1在五个不同器官（脊柱、脾脏、肠道、前肢和后肢）在相关发育阶段（E12.5）的胚胎发生过程中的功能，并将分离的野生型和突变型细胞的微阵列分析与ChIP-Seq分析相结合进行了比较。我们还通过比较bapx1的微阵列和ChIP-Seq数据与sox9的类似数据集来分析脊柱的发育，以生成控制器官发生各个方面的基因调控网络。
The data described in this article refers to Chatterjee et al. (2015) “In vivo genome-wide analysis of multiple tissues identifies gene regulatory networks, novel functions and downstream regulatory genes forBapx1and its co-regulation withSox9in the mammalian vertebral column” (GEO GSE35649) [1]. Transcriptional profiling combined with genome wide binding data is a powerful tool to elucidate the molecular mechanism behind vertebrate organogenesis. It also helps to uncover multiple roles of a single gene in different organs. In the above mentioned report we reveal the function of the homeobox geneBapx1during the embryogenesis of five distinct organs (vertebral column, spleen, gut, forelimb and hindlimb) at a relevant developmental stage (E12.5), microarray analysis of isolated wildtype and mutant cells in is compared in conjunction with ChIP-Seq analysis. We also analyzed the development of the vertebral column by comparing microarray and ChIP-Seq data forBapx1with similarly generated data sets forSox9to generate a gene regulatory network controlling various facets of the organogenesis.
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