ArrayXPath II: mapping and visualizing microarray gene-expression data with biomedical ontologies and integrated biological pathway resources using Scalable Vector Graphics.
ArrayXPath II: mapping and visualizing microarray gene-expression data with biomedical ontologies and integrated biological pathway resources using Scalable Vector Graphics.
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DOI：
10.1093/nar/gki450
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发表时间：
2005-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kim JH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chung HJ;Park CH;Han MR;Lee S;Ohn JH;Kim J;Kim J;Kim JH
总结：ArrayMap（）是一个基于Web的服务，用于映射和可视化微阵列基因表达数据与集成的生物途径资源，使用可缩放矢量图形（SVG）。破译通路之间的串扰和整合生物医学本体和知识库可能有助于微阵列数据的生物学解释。通过整合基因-通路、疾病-通路、药物-通路和通路-通路相关性与整合的基因本体、医学主题词和基于OMIM病理图的注释，Arrayclassification被授权。我们应用Fisher精确检验和相对危险度来评估相关性的统计学意义。ArrayData生成支持Javascript的SVG，用于通过生物医学本体丰富的基因-通路-疾病相互作用集成的基因表达谱的网络交互式可视化。
Summary: ArrayXPath () is a web-based service for mapping and visualizing microarray gene-expression data with integrated biological pathway resources using Scalable Vector Graphics (SVG). Deciphering the crosstalk among pathways and integrating biomedical ontologies and knowledge bases may help biological interpretation of microarray data. ArrayXPath is empowered by integrating gene-pathway, disease-pathway, drug-pathway and pathway–pathway correlations with integrated Gene Ontology, Medical Subject Headings and OMIM Morbid Map-based annotations. We applied Fisher's exact test and relative risk to evaluate the statistical significance of the correlations. ArrayXPath produces Javascript-enabled SVGs for web-enabled interactive visualization of gene-expression profiles integrated with gene-pathway-disease interactions enriched by biomedical ontologies.
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