Organelle-selective click labeling coupled with flow cytometry allows high-throughput CRISPR screening of genes involved in phosphatidylcholine metabolism
Organelle-selective click labeling coupled with flow cytometry allows high-throughput CRISPR screening of genes involved in phosphatidylcholine metabolism
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细胞器选择性点击标记与流式细胞术相结合，可对参与磷脂酰胆碱代谢的基因进行高通量 CRISPR 筛选
DOI：
10.1101/2022.04.18.488621
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Itaru Hamachi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Masaki Tsuchiya;Nobuhiko Tachibana;Kohjiro Nagao;Tomonori Tamura;Itaru Hamachi
脂类由生物膜组成，参与许多重要的细胞功能。虽然细胞脂质的合成和运输似乎是由复杂的蛋白质网络控制的，但整个机制还不够清楚。尽管全基因组功能筛查应该有助于破译脂类代谢的调节网络，但技术挑战依然存在--特别是在高通量读出脂类表型方面。在这里，我们将卵磷脂(PC)的细胞器选择性点击标记与基于流式细胞术的CRISPR筛选技术相结合，将细胞器PC的表型转换为简单的荧光读数，用于全基因组筛选。这项名为O-ClickFC的技术被成功地应用于基因组规模的CRISPR基因敲除筛选，以确定先前报道的与PC合成(PCYT1A，ACACA)、囊泡膜运输(SEC23B，RAB5C)和非囊泡运输(PITPNB，STARD7)相关的基因。此外，这项工作揭示了FLVCR1作为一种新的胆碱转运蛋白，CHEK1作为PC合成途径的翻译后调节因子，以及TMEM30A负责将PC转运到质膜双层之外的未知功能。这些发现证明了O-ClickFC作为一个前所未有的遗传解剖细胞脂肪代谢的平台的多功能性。
Lipids comprise biomembranes and are involved in many crucial cell functions. While cellular lipid synthesis and transport appear to be governed by intricate protein networks, the whole scheme is insufficiently understood. Although functional genome-wide screening should contribute to deciphering the regulatory networks of lipid metabolism, technical challenges remain – especially for high-throughput readouts of lipid phenotypes. Here, we coupled organelle-selective click labeling of phosphatidylcholine (PC) with flow cytometry-based CRISPR screening technologies to convert organellar PC phenotypes into a simple fluorescence readout for genome-wide screening. This technique, named O-ClickFC, was successfully applied in genome-scale CRISPR-knockout screens to identify previously reported genes associated with PC synthesis (PCYT1A, ACACA), vesicular membrane trafficking (SEC23B, RAB5C), and non-vesicular transport (PITPNB, STARD7). Moreover, this work revealed previously uncharacterized roles ofFLVCR1as a new choline transporter;CHEK1as a post-translational regulator of the PC-synthetic pathway, andTMEM30Aas responsible for translocation of PC to the outside of the plasma membrane bilayer. These findings demonstrate the versatility of O-ClickFC as an unprecedented platform for genetic dissection of cellular lipid metabolism.
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影响因子：
8.4
作者：
Alamudi SH;Su D;Lee KJ;Lee JY;Belmonte-Vázquez JL;Park HS;Peña-Cabrera E;Chang YT
通讯作者：
Chang YT
影响因子：
10.6
作者：
Khan, Anwar A.;Quigley, John G.
通讯作者：
Quigley, John G.
胆碱转运蛋白样蛋白 1
DOI：
10.32388/ur06qd
发表时间：
2016
期刊：
--
影响因子：
--
作者：
鈴木翔太;降幡知巳;周徐嘉;伊藤涼;橋本真里;孫雨晨;齊藤公亮;斎藤嘉朗;秋田英万;千葉寛;安西尚彦
通讯作者：
安西尚彦
影响因子：
56.9
作者：
Segawa, Katsumori;Kurata, Sachiko;Nagata, Shigekazu
通讯作者：
Nagata, Shigekazu
影响因子：
16.6
作者：
Schuler F;Weiss JG;Lindner SE;Lohmüller M;Herzog S;Spiegl SF;Menke P;Geley S;Labi V;Villunger A
通讯作者：
Villunger A