riboWaltz: Optimization of ribosome P-site positioning in ribosome profiling data.
riboWaltz: Optimization of ribosome P-site positioning in ribosome profiling data.
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DOI：
10.1371/journal.pcbi.1006169
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发表时间：
2018-08
影响因子：
4.3
通讯作者：
Viero G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lauria F;Tebaldi T;Bernabò P;Groen EJN;Gillingwater TH;Viero G
核糖体分析是一种在全基因组水平上研究翻译的有力技术，它可以产生关于核糖体位置的独特信息，这些信息是沿着RNA。核糖体的最佳定位需要正确识别每个核糖体保护片段中的核糖体P位点，这是确定翻译核糖体的三核苷酸周期性并得出关于核糖体定位的正确结论的关键步骤。为了在核苷酸分辨率下确定核糖体足迹内的P位点，精确估计其相对于受保护片段的偏移是必要的。在这里，我们提出riboWaltz，一个R软件包，用于计算最佳P位点偏移，诊断分析和核糖体分析数据的目视检查。与现有的工具相比，riboWaltz在多个案例研究中显示了P位点估计和纯核糖体定位的更高精度。riboWaltz是用R语言实现的，可以在https://github.com/LabTranslationalArchitectomics/RiboWaltz上作为R软件包获得。
Ribosome profiling is a powerful technique used to study translation at the genome-wide level, generating unique information concerning ribosome positions along RNAs. Optimal localization of ribosomes requires the proper identification of the ribosome P-site in each ribosome protected fragment, a crucial step to determine the trinucleotide periodicity of translating ribosomes, and draw correct conclusions concerning where ribosomes are located. To determine the P-site within ribosome footprints at nucleotide resolution, the precise estimation of its offset with respect to the protected fragment is necessary. Here we present riboWaltz, an R package for calculation of optimal P-site offsets, diagnostic analysis and visual inspection of ribosome profiling data. Compared to existing tools, riboWaltz shows improved accuracies for P-site estimation and neat ribosome positioning in multiple case studies. riboWaltz was implemented in R and is available as an R package at https://github.com/LabTranslationalArchitectomics/RiboWaltz.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
4.3
作者：
Gritsenko AA;Hulsman M;Reinders MJ;de Ridder D
通讯作者：
de Ridder D
DOI：
10.1038/nrm4069
发表时间：
2015-11
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Brar GA;Weissman JS
通讯作者：
Weissman JS
影响因子：
7.7
作者：
Lareau LF;Hite DH;Hogan GJ;Brown PO
通讯作者：
Brown PO
影响因子：
7.7
作者：
Raj, Anil;Wang, Sidney H.;Ptitchard, Jonathan K.
通讯作者：
Ptitchard, Jonathan K.