PSEUDOMARKER 2.0: efficient computation of likelihoods using NOMAD.
PSEUDOMARKER 2.0: efficient computation of likelihoods using NOMAD.
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DOI：
10.1186/1471-2105-15-47
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发表时间：
2014-02-17
影响因子：
3
通讯作者：
Schäffer AA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gertz EM;Hiekkalinna T;Digabel SL;Audet C;Terwilliger JD;Schäffer AA
PSEUDOMARKER是一个软件包，它可以在标记和假定的疾病位点之间进行联合连锁和连锁不平衡分析。PSEUDOMARKER的一个关键特征是它可以将联合收割机病例对照和不同结构的谱系结合到一个单一的统一分析中。因此，它最大化了疾病和重组分数上的标记等位基因频率或条件等位基因频率的数据的完全可能性。新版本2.0使用软件包NOMAD来最大化似然性，从而产生通常可比或更好的最优值，但对似然函数的评估要少得多。在经过大量修改以使用现代优化方法后，PSEUDOMARKER 2.0版比1.0版更强大，速度也更快。NOMAD可能是有用的，在其他生物信息学问题，复杂的似然函数进行优化。
PSEUDOMARKER is a software package that performs joint linkage and linkage disequilibrium analysis between a marker and a putative disease locus. A key feature of PSEUDOMARKER is that it can combine case-controls and pedigrees of varying structure into a single unified analysis. Thus it maximizes the full likelihood of the data over marker allele frequencies or conditional allele frequencies on disease and recombination fraction. The new version 2.0 uses the software package NOMAD to maximize likelihoods, resulting in generally comparable or better optima with many fewer evaluations of the likelihood functions. After being modified substantially to use modern optimization methods, PSEUDOMARKER version 2.0 is more robust and substantially faster than version 1.0. NOMAD may be useful in other bioinformatics problems where complex likelihood functions are optimized.
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