Reaction mechanism of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase: a theoretical study.
Reaction mechanism of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase: a theoretical study.
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DOI：
10.1021/bi900879a
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发表时间：
2009-10-13
期刊：
影响因子：
2.9
通讯作者：
Himo, Fahmi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sevastik, Robin;Whitman, Christian P.;Himo, Fahmi
采用密度泛函理论B3 LYP方法研究了顺式3-氯丙烯酸脱卤酶（cis-CaaD）的反应机理.该酶催化顺式-3-氯丙烯酸水解脱卤，生成丙二酸半醛和HCl。未催化的反应被认为是第一次和极好的协议之间的计算障碍和测量的速率常数。然后用由159个原子组成的活性位点模型研究酶促反应。结果表明，cis-CaaD催化的替代机制和不同的作用，在这种机制中的一些活性位点残基。
The reaction mechanism of cis-3-chloroacrylic acid dehalogenase (cis-CaaD) is studied using the density functional theory method B3LYP. This enzyme catalyzes the hydrolytic dehalogenation of cis-3-chloroacrylic acid to yield malonate semialdehyde and HCl. The uncatalyzed reaction is first considered and excellent agreement is found between the calculated barrier and the measured rate constant. The enzymatic reaction is then studied with an active site model consisting of 159 atoms. The results suggest an alternative mechanism for cis-CaaD catalysis and different roles for some active site residues in this mechanism.
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