PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data.
PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data.
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PDBe-KB：协作定义结构数据的生物学背景。
DOI：
10.1093/nar/gkab988
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发表时间：
2022-01-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
PDBe-KB consortium
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
PDBe-KB consortium
欧洲蛋白质数据库-知识库（pbe -kb, https://pdbe-kb.org）是世界领先的专业数据资源之间的开放合作，提供来自蛋白质数据库（PDB）或与之相关的功能和生物物理注释。pbe - kb的目标是通过开发标准化的数据交换格式，并将来自合作伙伴资源的功能注释集成到能够提供有价值的生物学见解的知识图中，从而将大分子结构数据置于其生物学上下文中。自从我们在2019年描述了pbe - kb以来，可用注释数据集和用户功能的种类都有了重大改进。在这里，我们提供了该联盟的概述，重点介绍了诸如预测的共价结合物、磷酸化位点、突变对蛋白质结构的影响和能量局部挫折等注释的添加。此外，我们还描述了一个可重用的基于web的可视化组件库，并引入了一些新功能，如批量下载数据服务和一种新的叠加服务，该服务每周为整个PDB存档生成叠加蛋白链簇。
The Protein Data Bank in Europe – Knowledge Base (PDBe-KB, https://pdbe-kb.org) is an open collaboration between world-leading specialist data resources contributing functional and biophysical annotations derived from or relevant to the Protein Data Bank (PDB). The goal of PDBe-KB is to place macromolecular structure data in their biological context by developing standardised data exchange formats and integrating functional annotations from the contributing partner resources into a knowledge graph that can provide valuable biological insights. Since we described PDBe-KB in 2019, there have been significant improvements in the variety of available annotation data sets and user functionality. Here, we provide an overview of the consortium, highlighting the addition of annotations such as predicted covalent binders, phosphorylation sites, effects of mutations on the protein structure and energetic local frustration. In addition, we describe a library of reusable web-based visualisation components and introduce new features such as a bulk download data service and a novel superposition service that generates clusters of superposed protein chains weekly for the whole PDB archive.
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影响因子：
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作者：
Krivák R;Hoksza D
通讯作者：
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通讯作者：
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