A pan-cancer proteomic perspective on The Cancer Genome Atlas.
A pan-cancer proteomic perspective on The Cancer Genome Atlas.
复制标题
关于癌症基因组地图集的泛伴奏蛋白质组学观点。
DOI：
10.1038/ncomms4887
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发表时间：
2014-05-29
影响因子：
16.6
通讯作者：
Mills, Gordon B.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Akbani, Rehan;Ng, Patrick Kwok Shing;Werner, Henrica M. J.;Shahmoradgoli, Maria;Zhang, Fan;Ju, Zhenlin;Liu, Wenbin;Yang, Ji-Yeon;Yoshihara, Kosuke;Li, Jun;Ling, Shiyun;Seviour, Elena G.;Ram, Prahlad T.;Minna, John D.;Diao, Lixia;Tong, Pan;Heymach, John V.;Hill, Steven M.;Dondelinger, Frank;Stadler, Nicolas;Byers, Lauren A.;Meric-Bernstam, Funda;Weinstein, John N.;Broom, Bradley M.;Verhaak, Roeland G. W.;Liang, Han;Mukherjee, Sach;Lu, Yiling;Mills, Gordon B.
通过对患者肿瘤的基因组和转录组学分析预测蛋白质水平和功能很差。因此，功能蛋白质组的直接研究有可能提供丰富的信息，补充和扩展癌症基因组图谱（TCGA）项目中的基因组，表观基因组和转录组分析。在这里，我们使用反相蛋白质阵列分析了来自11种TCGA“泛癌症”疾病的3，467名患者样本，使用181种高质量抗体靶向128种总蛋白质和53种后修饰蛋白质。将所得蛋白质组数据与相同样品的基因组和转录组分析相结合，以确定肿瘤谱系内和肿瘤谱系之间的共性、差异、新兴途径和网络生物学。此外，组织特异性信号在计算上减少，以增强跨越多个肿瘤谱系的生物标志物和靶标发现。这种综合分析，重点是途径和潜在的可操作的蛋白质，为确定功能蛋白质组的预后，预测和治疗相关性提供了一个框架。
Protein levels and function are poorly predicted by genomic and transcriptomic analysis of patient tumors. Therefore, direct study of the functional proteome has the potential to provide a wealth of information that complements and extends genomic, epigenomic and transcriptomic analysis in The Cancer Genome Atlas (TCGA) projects. Here we use reverse-phase protein arrays to analyze 3,467 patient samples from 11 TCGA “Pan-Cancer” diseases, using 181 high-quality antibodies that target 128 total proteins and 53 post-translationally modified proteins. The resultant proteomic data is integrated with genomic and transcriptomic analyses of the same samples to identify commonalities, differences, emergent pathways and network biology within and across tumor lineages. In addition, tissue-specific signals are reduced computationally to enhance biomarker and target discovery spanning multiple tumor lineages. This integrative analysis, with an emphasis on pathways and potentially actionable proteins, provides a framework for determining the prognostic, predictive and therapeutic relevance of the functional proteome.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.0908899107
发表时间：
2010-03-23
影响因子：
11.1
作者：
Chagpar, Ryaz B.;Links, Philip H.;Anderson, Deborah H.
通讯作者：
Anderson, Deborah H.
影响因子：
3.5
作者：
Grimm, Erin E.;Schmidt, Rodney A.;Allison, Kimberly H.
通讯作者：
Allison, Kimberly H.
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
3.7
作者：
Bacolod MD;Barany F
通讯作者：
Barany F