p19-mediated enrichment and detection of siRNAs.
p19-mediated enrichment and detection of siRNAs.
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p19 介导的 siRNA 富集和检测。
DOI：
10.1007/978-1-4939-0931-5_9
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
Jin J
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Jin J
p19是一种RNA结合蛋白，最初分离自香石竹意大利环斑病毒（CIRV）。研究表明，p19是一种植物RNA沉默抑制因子，能与小干扰RNA（siRNA）高亲和力结合。具有N-末端麦芽糖结合蛋白（MBP）和C-末端几丁质结合结构域（CBD）的双功能p19融合蛋白允许蛋白质纯化和p19通过几丁质结合结构域与几丁质磁珠结合。融合p19蛋白识别并结合20-23个核苷酸大小范围内的双链RNA（dsRNA），但不结合单链RNA（ssRNA）或dsDNA。此外，如果在RNA的确切末端存在19 bp的钝RNA双链体，则p19也可以结合mRNA。p19融合蛋白对小dsRNA的结合特异性允许当与互补RNA杂交时检测源自外源或内源长dsRNA或微小RNA的siRNA。在这里，我们描述了一个强大的方法，使用p19和放射性RNA探针检测siRNA在亚飞摩尔范围内，并在存在超过百万倍的总RNA。与大多数核酸检测方法不同，p19选择正确长度和结构的RNA杂交体。本章描述了p19融合蛋白检测miRNA，分离外源性或内源性siRNA，纯化含有19 bp末端RNA双链体的较长RNA的潜力。
p19 is an RNA binding protein originally isolated from the Carnation Italian ring-spot virus (CIRV). It has been shown that p19 is a plant RNA-silencing suppressor that binds small interfering RNA (siRNA) with high affinity. A bifunctional p19 fusion protein, with an N-terminal maltose binding protein (MBP) and a C-terminal chitin binding domain (CBD) allows protein purification and binding of p19 to chitin magnetic beads via the chitin binding domain. The fusion p19 protein recognizes and binds double-stranded RNAs (dsRNA) in the size range of 20-23 nucleotides, but does not bind single strand RNA (ssRNA) or dsDNA. Furthermore, p19 can also bind mRNA, if there is a 19 bp blunt RNA duplex at the exact end of the RNA. Binding specificity of the p19 fusion protein for small dsRNA allows for detection of siRNAs derived either from exogenous or endogenous long dsRNA or microRNAs when hybridized to a complementary RNA. Here we describe a robust method using p19 and radioactive RNA probes to detect siRNAs in the sub-femtomole range and in the presence of a million-fold excess of total RNA. Unlike most nucleic acid detection methods, p19 selects for RNA hybrids of correct length and structure. This chapter describes the potential of p19 fusion protein to detect miRNAs, isolate exogenous or endogenous siRNAs, and purify longer RNAs that contain a 19-bp terminal RNA duplex.
影响因子：
4.5
作者：
Shingara, J;Keiger, K;Labourier, E
通讯作者：
Labourier, E
影响因子：
7
作者：
Allen, Mary Ann;Hillier, LaDeana W.;Blumenthal, Thomas
通讯作者：
Blumenthal, Thomas