Investigating the Genomic Distribution of Phylogenetic Signal with CloudForest
Investigating the Genomic Distribution of Phylogenetic Signal with CloudForest
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使用 CloudForest 研究系统发育信号的基因组分布
DOI：
10.1145/3437359.3465605
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Wilgenbusch, James C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wagner, Reid;Toups, Benjamin S.;Deng, Zhifeng;Gallivan, Kyle A.;Brown, Jeremy M.;Wilgenbusch, James C.
进化生物学的一个中心焦点是推断物种之间的历史关系，并利用这种背景来了解进化如何塑造不同的生物体。这些历史关系由系统发育树表示，并且用于推断这些树的方法几十年来一直是一个活跃的研究领域。尽管受到了这种关注，但系统发育工作流程几乎没有改变，尽管过去20年来基因组数据收集的规模和速度取得了非凡的进步。现代的基因组数据集也提出了一些有趣的新问题。为什么基因组的不同部分往往支持物种之间的不同关系？这些不同的信号是如何在染色体上分布的？我们开发了一个新的计算框架CloudForest来解决这些问题。CloudForest灵活、高效，并紧密集成了各种工具。在这里，我们简要地描述了CloudForest的架构，包括它提供的优势，并使用它来调查系统发育信号的分布沿着整个X染色体的24猫（猫科）物种。
A central focus of evolutionary biology is inferring the historical relationships among species and using this context to learn about how evolution has shaped diverse organisms. These historical relationships are represented by phylogenetic trees, and the methods used to infer these trees have been an active area of research for several decades. Despite this attention, phylogenetic workflows have changed little, even though extraordinary advances have occurred in the scale and pace at which genomic data have been collected in the past 20 years. Modern phylogenomic datasets have also raised fascinating new questions. Why do different parts of a genome often support different relationships among species? How are these different signals distributed across chromosomes? We developed a new computational framework, CloudForest, to tackle such questions. CloudForest is flexible, efficient, and tightly integrates a diverse set of tools. Here, we briefly describe the architecture of CloudForest, including the advantages it provides, and use it to investigate the distribution of phylogenetic signal along the entire X chromosome of 24 cat (Felidae) species.
根据异质进化过程产生的线粒体 DNA 序列推断出蜥蜴之间的系统发育关系。
影响因子：
6.5
作者：
James C. Wilgenbusch;Kevin de Queiroz
通讯作者：
Kevin de Queiroz
影响因子：
10.7
作者：
Li, Gang;Figueiro, Henrique;Murphy, William J.
通讯作者：
Murphy, William J.
可视化系统发育树景观
影响因子：
3
作者：
James C. Wilgenbusch;Wen Huang;K. Gallivan
通讯作者：
K. Gallivan