FASconCAT: Convenient handling of data matrices
FASconCAT: Convenient handling of data matrices
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DOI：
10.1016/j.ympev.2010.04.024
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发表时间：
2010-09-01
影响因子：
4.1
通讯作者：
Meusemann, Karen
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kueck, Patrick;Meusemann, Karen
FASconCAT是一个用户友好的软件，它可以将不同类型的序列数据快速连接到一个超矩阵文件中。输出文件采用FASTA、PHYLIP或NEXUS格式，并直接在PAUP*、RAxML或MrBayes等系统发育程序中进行编译。FASconCAT可以在一次运行中处理FASTA、PHYLIP和CLUSTAL格式的输入文件。它提供了关于每个输入文件和连接超矩阵的有用信息。例如，该程序提供每个连接基因（分区）的范围信息，并提供所有连接序列（分类群）的检查列表。为核苷酸数据提供关于单个输入文件的碱基组成和所得超矩阵的信息。对于给定的结构字符串（例如二级结构），它在连接过程后显示单个未配对（环）和配对（茎）位置。FASconCAT还可以生成串联序列的NEXUS文件，可以使用PAUP* 和MrBayes中可直接执行的MrBayes命令，也可以不使用任何特定命令。如果喜欢，FASconCAT分配PHYLIP格式的输出文件，带有宽松（无限制的符号）或限制的分类单元名称（最多10个符号），而序列以非交错格式打印。FASconCAT是用Perl实现的，可以从http://software.zfmk.de免费获得。它运行在UNIX和MS Windows操作系统上。(C)2010年爱思唯尔公司All rights reserved.
FASconCAT is a user-friendly software that concatenates rapidly different kinds of sequence data into one supermatrix file. Output files are either in FASTA, PHYLIP or NEXUS format and are directly loadable in phylogenetic programs like PAUP*, RAxML or MrBayes. FASconCAT can handle FASTA, PHYLIP and CLUSTAL formatted input files in one single run. It provides useful information about each input file and the concatenated supermatrix. For example, the program provides the range information of each concatenated gene (partition) and delivers a check list of all concatenated sequences (taxa). Information about the base composition of single input files and the resulting supermatrix is supplied for nucleotide data. For given structure strings (e.g. secondary structures) it displays single unpaired (loop) and paired (stem) positions after the concatenation process. Optionally, FASconCAT generates NEXUS files of concatenated sequences, either with MrBayes commands directly executable in PAUP* and MrBayes, or without any specific commands. If favoured, FASconCAT dispenses output files in PHYLIP format with relaxed (unlimited signs) or restricted taxon names (up to ten signs) while sequences are printed in non-interleaved format. FASconCAT is implemented in Perl and freely available from http://software.zfmk.de. It runs on UNIX and MS Windows operating systems. (C) 2010 Elsevier Inc. All rights reserved.