Inconsistency of Triplet-Based and Quartet-Based Species Tree Estimation under Intralocus Recombination
Inconsistency of Triplet-Based and Quartet-Based Species Tree Estimation under Intralocus Recombination
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位点内重组下基于三重态和基于四重态的物种树估计的不一致
DOI：
10.1089/cmb.2022.0265
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发表时间：
2022
影响因子：
1.7
通讯作者：
Roch, Sebastien
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hill, Max;Roch, Sebastien
我们考虑从基因座内重组的多个基因座进行种树估计。我们专注于，一个总结合并为基础的方法，使用根三元组，以及相关的基于四元组的推理方法。我们分析表明，在这两种情况下，基因座内重组引起的不一致区，其中正确的推理是不能保证，即使在无限数量的数据的限制。此外，我们通过模拟研究，这表明，密切相关的类群之间的重组的差异率可以放大不完整的谱系排序的效果，并有助于不一致的验证和表征这一不一致区。
We consider species tree estimation from multiple loci subject to intralocus recombination. We focus on, a summary coalescent-based method using rooted triplets, as well as a related quartet-based inference method. We demonstrate analytically that in both cases, intralocus recombination gives rise to an inconsistency zone, in which correct inference is not assured even in the limit of infinite amount of data. In addition, we validate and characterize this inconsistency zone through a simulation study, which suggests that differential rates of recombination between closely related taxa can amplify the effect of incomplete lineage sorting and contribute to inconsistency.
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DOI：
--
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--
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Degnan, James H.