Three-dimensional molecular theory of solvation coupled with molecular dynamics in Amber.
Three-dimensional molecular theory of solvation coupled with molecular dynamics in Amber.
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DOI：
10.1021/ct900460m
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发表时间：
2010-03-09
影响因子：
5.5
通讯作者：
Kovalenko, Andriy
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Luchko, Tyler;Gusarov, Sergey;Roe, Daniel R.;Simmerling, Carlos;Case, David A.;Tuszynski, Jack;Kovalenko, Andriy
我们提出了溶剂化的三维分子理论（也称为3D-RISM）与分子动力学（MD）模拟相结合，通过收缩溶剂自由度，通过外推溶剂诱导的力来加速，并以大的多时间步长（高达20秒）应用它们来模拟大型生物分子。该方法已在Amber分子建模包中实现，并在这里对丙氨酸二肽和蛋白G进行了说明。
We present the three-dimensional molecular theory of solvation (also known as 3D-RISM) coupled with molecular dynamics (MD) simulation by contracting solvent degrees of freedom, accelerated by extrapolating solvent-induced forces and applying them in large multi-time steps (up to 20 fs) to enable simulation of large biomolecules. The method has been implemented in the Amber molecular modeling package, and is illustrated here on alanine dipeptide and protein G.
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影响因子：
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作者：
Imai, Takashi;Oda, Koji;Kidera, Akinori
通讯作者：
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通讯作者：
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Frigo, M
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通讯作者：
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