Global landscape of SARS-CoV-2 genomic surveillance and data sharing.
Global landscape of SARS-CoV-2 genomic surveillance and data sharing.
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DOI：
10.1038/s41588-022-01033-y
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发表时间：
2022-04
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Yu, Hongjie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chen, Zhiyuan;Azman, Andrew S.;Chen, Xinhua;Zou, Junyi;Tian, Yuyang;Sun, Ruijia;Xu, Xiangyanyu;Wu, Yani;Lu, Wanying;Ge, Shijia;Zhao, Zeyao;Yang, Juan;Leung, Daniel T.;Domman, Daryl B.;Yu, Hongjie
基因组监测塑造了我们对严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）变异体的理解。我们使用收集的国家特定数据对SARS-CoV-2基因组监测和基因组数据进行了全球景观分析。在此，我们描述了Alpha变体在2021年初的发行量增加，随后在2021年5月左右被Delta变体取代。SARS-CoV-2基因组监测和测序的可用性在各国之间存在显著差异，45个国家进行了高水平的常规基因组监测，96个国家有很高的SARS-CoV-2测序可用性。我们还观察到不同地区和收入群体的测序百分比、测序技术、周转时间和发布元数据的完整性存在明显的异质性。共有37%明确报告变异的国家在公共存储库中共享的关注变异（VOC）序列不到一半。我们的研究结果表明，迫切需要增加及时和充分的序列共享，元数据文件的标准化，以及对测序和生物信息学能力有限的国家的支持。对118个国家SARS-CoV-2基因组监测的全球多样性和基因组数据的公开可用程度的分析为更好地为SARS-CoV-2监测政策提供了证据。
Genomic surveillance has shaped our understanding of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants. We performed a global landscape analysis on SARS-CoV-2 genomic surveillance and genomic data using a collection of country-specific data. Here, we characterize increasing circulation of the Alpha variant in early 2021, subsequently replaced by the Delta variant around May 2021. SARS-CoV-2 genomic surveillance and sequencing availability varied markedly across countries, with 45 countries performing a high level of routine genomic surveillance and 96 countries with a high availability of SARS-CoV-2 sequencing. We also observed a marked heterogeneity of sequencing percentage, sequencing technologies, turnaround time and completeness of released metadata across regions and income groups. A total of 37% of countries with explicit reporting on variants shared less than half of their sequences of variants of concern (VOCs) in public repositories. Our findings indicate an urgent need to increase timely and full sharing of sequences, the standardization of metadata files and support for countries with limited sequencing and bioinformatics capacity. Analyses on the global diversity of SARS-CoV-2 genomic surveillance across 118 countries and the extent of public availability of genomic data provide evidence to better inform SARS-CoV-2 surveillance policy.
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SARS-COV-2血统的估计可传播和影响B.1.1.7在英国。
DOI：
10.1126/science.abg3055
发表时间：
2021-04-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Davies NG;Abbott S;Barnard RC;Jarvis CI;Kucharski AJ;Munday JD;Pearson CAB;Russell TW;Tully DC;Washburne AD;Wenseleers T;Gimma A;Waites W;Wong KLM;van Zandvoort K;Silverman JD;CMMID COVID-19 Working Group;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Diaz-Ordaz K;Keogh R;Eggo RM;Funk S;Jit M;Atkins KE;Edmunds WJ
通讯作者：
Edmunds WJ
影响因子：
4.5
作者：
Crawford DC;Williams SM
通讯作者：
Williams SM
影响因子：
19
作者：
Espenhain, Laura;Funk, Tjede;Muller, Luise
通讯作者：
Muller, Luise
影响因子：
28.3
作者：
Bugembe DL;Phan MVT;Ssewanyana I;Semanda P;Nansumba H;Dhaala B;Nabadda S;O'Toole ÁN;Rambaut A;Kaleebu P;Cotten M
通讯作者：
Cotten M
DOI：
10.2807/1560-7917.es.2021.26.24.2100509
发表时间：
2021-06
期刊：
Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin
影响因子：
--
作者：
Campbell F;Archer B;Laurenson-Schafer H;Jinnai Y;Konings F;Batra N;Pavlin B;Vandemaele K;Van Kerkhove MD;Jombart T;Morgan O;le Polain de Waroux O
通讯作者：
le Polain de Waroux O