The 'dnet' approach promotes emerging research on cancer patient survival.
The 'dnet' approach promotes emerging research on cancer patient survival.
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DOI：
10.1186/s13073-014-0064-8
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发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Gough J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fang H;Gough J
我们提出了‘dNet’包，并将其应用于‘TCGA’突变和3,000名患者的临床数据。我们发现了一个潜在的基因网络的存在，该网络至少部分控制了癌症的“存活率”，突变与患者的生存密切相关，但与肿瘤的来源和类型无关。生存网络具有与肿瘤特征相对应的自然社区结构，并包含可能在临床上用药的基因。这个网络的进化根源于后口症，认为PTK2和Vav1相对于那个时代更多的研究基因来说是被低估的。‘dNet’R包可在http://cran.r-project.org/package=dnet.上获得本文的在线版本(doi：10.1186/s13073-0140064-8)包含补充材料，授权用户可以使用。
We present the ‘dnet’ package and apply it to the ‘TCGA’ mutation and clinical data of >3,000 patients. We uncover the existence of an underlying gene network that at least partially controls cancer ‘survivalness’, with mutations that are significantly correlated with patient survival, yet independent of tumour origin and type. The survivalness network has natural community structure corresponding to tumour hallmarks, and contains genes that are potentially druggable in the clinic. This network has evolutionary roots in Deuterostomia identifying PTK2 and VAV1 as under-valued relative to more studied genes from that era. The ‘dnet’ R package is available at http://cran.r-project.org/package=dnet. The online version of this article (doi:10.1186/s13073-014-0064-8) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
12.3
作者：
Auffray C;Chen Z;Hood L
通讯作者：
Hood L
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1016/j.bbrc.2013.11.103
发表时间：
2014-01-03
影响因子：
3.1
作者：
Fang, Hai;Gough, Julian
通讯作者：
Gough, Julian
影响因子：
1.5
作者：
Ma, Shuangge;Huang, Yuan;Huang, Jian;Fang, Kuangnan
通讯作者：
Fang, Kuangnan
影响因子：
14.9
作者：
Fang H;Gough J
通讯作者：
Gough J