Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments.
Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bty121
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发表时间：
2018-07-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Katoh K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nakamura T;Yamada KD;Tomii K;Katoh K
我们报告了 MAFFT 多序列比对程序的更新，以实现大量序列的并行计算。据报道，MAFFT 的 G-INS-1 选项最近在处理大数据时比其他方法具有更高的精度，但由于需要大量计算资源，该方法对于大多数大规模分析来说是不切实际的。我们引入了一个可扩展的变体 G-large-INS-1，它具有与 G-INS-1 相当的精度，并且适用于 50 000 或更多序列。此功能在 MAFFT 版本 7.355 或更高版本中可用，网址为 https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mpi.html。 补充数据可在生物信息学在线获取。
We report an update for the MAFFT multiple sequence alignment program to enable parallel calculation of large numbers of sequences. The G-INS-1 option of MAFFT was recently reported to have higher accuracy than other methods for large data, but this method has been impractical for most large-scale analyses, due to the requirement of large computational resources. We introduce a scalable variant, G-large-INS-1, which has equivalent accuracy to G-INS-1 and is applicable to 50 000 or more sequences. This feature is available in MAFFT versions 7.355 or later at https://mafft.cbrc.jp/alignment/software/mpi.html. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
14.9
作者：
Drozdetskiy A;Cole C;Procter J;Barton GJ
通讯作者：
Barton GJ
MAFFT序列比对程序应用于链链树的实用性的大型数据试验。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btw412
发表时间：
2016-11-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Yamada KD;Tomii K;Katoh K
通讯作者：
Katoh K
DOI：
10.1186/s13015-015-0057-1
发表时间：
2015
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Boyce K;Sievers F;Higgins DG
通讯作者：
Higgins DG
影响因子：
4.1
作者：
Gloeckner, Frank Oliver;Yilmaz, Pelin;Ludwig, Wolfgang
通讯作者：
Ludwig, Wolfgang
影响因子：
5.8
作者：
Gonzalez-Dominguez, Jorge;Liu, Yongchao;Schmidt, Bertil
通讯作者：
Schmidt, Bertil