The Virtual Root : Mathematical Modeling of Auxin Transport in the Arabidopsis Root Tip Using the Open-Source Software SimuPlant.
The Virtual Root : Mathematical Modeling of Auxin Transport in the Arabidopsis Root Tip Using the Open-Source Software SimuPlant.
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虚拟根：使用开源软件 SimuPlant 对拟南芥根尖中的生长素运输进行数学建模。
DOI：
10.1007/978-1-0716-1816-5_8
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Collis H
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Collis H
生长素等激素信号在控制植物生长发育中起着重要作用。确定调节生长素在细胞和组织中分布的机制是理解这种激素在植物发育过程中的作用的重要一步。最近的数学模型使我们能够理解生长素流入和流出载体在拟南芥根尖中生长素运输中的重要作用（Band et al.，Plant Cell 26（3）：862-875，2014; Grieneisen等人，Nature 449（7165）：1008-1013，2007;货车den贝格等人，Development 143（18）：3350-3362，2016）。在本章中，我们介绍了SimuPlant：虚拟根（SimuPlant，诺丁汉大学。 https://www.simuplant.org/ . 2019年9月20日访问）;使用OpenAlea构建的开源软件套件（Pradal等人，Funct Plant Biol 35（10）：751-760，2008）框架，其被设计为模拟真实的植物组织几何形状中的基于顶点的模型。我们提供了如何安装SimuPlant，在拟南芥根尖中运行2D生长素运输模型，操作参数和可视化模型输出的指导。SimuPlant具有图形用户界面（GUI），旨在允许没有编程经验的用户模拟拟南芥根中的生长素动态 tip.在用户界面中，SimuPlant的用户可以从一系列模型假设中进行选择，并可以选择操纵模型和仿真参数值。然后用户可以研究他们的选择如何影响拟南芥根中生长素的预测分布 tip.模型模拟的结果在根中直观地显示出来 可以导出并保存为PNG图像文件。
Hormone signals like auxin play a critical role controlling plant growth and development. Determining the mechanisms that regulate auxin distribution in cells and tissues is a vital step in understanding this hormone’s role during plant development. Recent mathematical models have enabled us to understand the essential role that auxin influx and efflux carriers play in auxin transport in the Arabidopsis root tip (Band et al., Plant Cell 26(3):862–875, 2014; Grieneisen et al., Nature 449(7165):1008–1013, 2007; van den Berg et al., Development 143(18):3350–3362, 2016). In this chapter, we describe SimuPlant: The Virtual Root (SimuPlant, University of Nottingham. https://www.simuplant.org/ . Accessed 20 Sept 2019); an open source software suite, built using the OpenAlea (Pradal et al., Funct Plant Biol 35(10):751–760, 2008) framework, that is designed to simulate vertex-based models in real plant tissue geometries. We provide guidance on how to install SimuPlant, run 2D auxin transport models in the Arabidopsis root tip, manipulate parameters, and visualize model outputs.SimuPlant features a graphical user interface (GUI) designed to allow users with no programming experience to simulate auxin dynamics within the Arabidopsis root tip. Within the user interface, users of SimuPlant can select from a range of model assumptions and can choose to manipulate model and simulation parameter values. Users can then investigate how their choices affect the predicted distribution of auxin in the Arabidopsis root tip. The results of the model simulations are shown visually within the root geometry and can be exported and saved as PNG image files.
影响因子：
11.6
作者：
Pound, Michael P.;French, Andrew P.;Pridmore, Tony P.
通讯作者：
Pridmore, Tony P.