Identification of Key Candidate Genes Involved in the Progression of Idiopathic Pulmonary Fibrosis.
Identification of Key Candidate Genes Involved in the Progression of Idiopathic Pulmonary Fibrosis.
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DOI：
10.3390/molecules26041123
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发表时间：
2021-02-20
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Han X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cui Y;Ji J;Hou J;Tan Y;Han X
特发性肺纤维化（IPF）是一种致死性、原因不明的间质性肺病，治疗选择有限。为了研究参与IPF发展的重要基因，我们整合并比较了四种表达谱（GSE 110147、GSE 53845、GSE 24206和GSE 10667），包括87个IPF样本和40个正常样本。通过重新分析这些数据集，与正常样本相比，我们设法在IPF样本中鉴定出62个上调基因和20个下调基因。通过基因本体和京都基因和基因组百科全书（KEGG）途径分析来分析差异表达基因（DEG），以阐明IPF的相关途径、生物学过程、分子功能和细胞组分。然后对DEG进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析，用于找到11个关键候选基因（ANXA 3、STX 11、THBS2、MMP 1、MMP 9、MMP 7、MMP 10、SPP 1、COL1A1、ITGB 8、IGF 1）。RT-qPCR和免疫组化结果也证实了我们的发现。总之，我们确定了11个与IPF过程相关的关键候选基因，这可能有助于IPF的新治疗。
Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a lethal, agnogenic interstitial lung disease with limited therapeutic options. To investigate vital genes involved in the development of IPF, we integrated and compared four expression profiles (GSE110147, GSE53845, GSE24206, and GSE10667), including 87 IPF samples and 40 normal samples. By reanalyzing these datasets, we managed to identify 62 upregulated genes and 20 downregulated genes in IPF samples compared with normal samples. Differentially expressed genes (DEGs) were analyzed by gene ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway analysis to illustrate relevant pathways of IPF, biological processes, molecular function, and cell components. The DEGs were then subjected to protein–protein interaction (PPI) for network analysis, serving to find 11 key candidate genes (ANXA3, STX11, THBS2, MMP1, MMP9, MMP7, MMP10, SPP1, COL1A1, ITGB8, IGF1). The result of RT-qPCR and immunohistochemical staining verified our finding as well. In summary, we identified 11 key candidate genes related to the process of IPF, which may contribute to novel treatments of IPF.
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影响因子：
4.8
作者：
El-Tanani, M;Platt-Higgins, A;Campbell, FC
通讯作者：
Campbell, FC
影响因子：
2.8
作者：
Kristensen, J. H.;Larsen, L.;Leeming, D. J.
通讯作者：
Leeming, D. J.
影响因子：
3.9
作者：
Barratt SL;Creamer A;Hayton C;Chaudhuri N
通讯作者：
Chaudhuri N
影响因子：
5.6
作者：
Hou, Jiwei;Ma, Tan;Han, Xiaodong
通讯作者：
Han, Xiaodong
DOI：
10.1152/ajplung.00394.2003
发表时间：
2004-06-01
影响因子：
4.9
作者：
Berman, JS;Serlin, D;O'Regan, AW
通讯作者：
O'Regan, AW