A software framework for analysing solid-state MAS NMR data.
A software framework for analysing solid-state MAS NMR data.
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用于分析固态MAS NMR数据的软件框架。
DOI：
10.1007/s10858-011-9569-2
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发表时间：
2011-12
影响因子：
2.7
通讯作者：
Laue ED
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stevens TJ;Fogh RH;Boucher W;Higman VA;Eisenmenger F;Bardiaux B;van Rossum BJ;Oschkinat H;Laue ED
近年来，蛋白质的固态魔角旋转（MAS）NMR在方法上经历了许多快速的发展，使蛋白质结构，功能和动力学的详细研究成为可能。然而，软件开发并没有跟上这些进步的步伐，数据分析主要是使用为溶液NMR开发的工具进行的，这些工具并不直接解决固态特定的问题。在这里，我们提出了CcpNmr分析软件包，使更容易识别的自旋边带，直接分析双量子光谱，自动考虑不均匀的标签计划，以及扩展其他现有功能的固态MAS数据的需要。为了支持这一点，我们更新和扩展了CCPN数据模型和实验描述，以包括适合固态NMR实验的转移类型和命名，以及一组实验原型，涵盖了固态MAS蛋白质NMR光谱学家常用的实验。这项工作不仅改进了固态MAS NMR数据分析，而且为任何使用CCPN数据模型进行编程，数据传输或涉及固态MAS NMR数据的数据存档的人提供了一个平台。本文的在线版本（doi：10.1007/s10858-011-9569-2）包含补充材料，可供授权用户使用。
Solid-state magic-angle-spinning (MAS) NMR of proteins has undergone many rapid methodological developments in recent years, enabling detailed studies of protein structure, function and dynamics. Software development, however, has not kept pace with these advances and data analysis is mostly performed using tools developed for solution NMR which do not directly address solid-state specific issues. Here we present additions to the CcpNmr Analysis software package which enable easier identification of spinning side bands, straightforward analysis of double quantum spectra, automatic consideration of non-uniform labelling schemes, as well as extension of other existing features to the needs of solid-state MAS data. To underpin this, we have updated and extended the CCPN data model and experiment descriptions to include transfer types and nomenclature appropriate for solid-state NMR experiments, as well as a set of experiment prototypes covering the experiments commonly employed by solid-sate MAS protein NMR spectroscopists. This work not only improves solid-state MAS NMR data analysis but provides a platform for anyone who uses the CCPN data model for programming, data transfer, or data archival involving solid-state MAS NMR data. The online version of this article (doi:10.1007/s10858-011-9569-2) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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DOI：
10.1073/pnas.0607815103
发表时间：
2006-10-31
影响因子：
11.1
作者：
Ferguson, Neil;Becker, Johanna;Fersht, Alan R.
通讯作者：
Fersht, Alan R.
影响因子：
2.7
作者：
Hong, M;Jakes, K
通讯作者：
Jakes, K
影响因子：
2.7
作者：
Lemak A;Gutmanas A;Chitayat S;Karra M;Farès C;Sunnerhagen M;Arrowsmith CH
通讯作者：
Arrowsmith CH
DOI：
10.1107/s0907444998003254
发表时间：
1998-09-01
期刊：
ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY
影响因子：
--
作者：
Brunger, AT;Adams, PD;Warren, GL
通讯作者：
Warren, GL
影响因子：
2.7
作者：
Hefke, Frederik;Bagaria, Anurag;Guentert, Peter
通讯作者：
Guentert, Peter