Selective depletion of rRNA enables whole transcriptome profiling of archival fixed tissue.
Selective depletion of rRNA enables whole transcriptome profiling of archival fixed tissue.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0042882
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Sinicropi DV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Morlan JD;Qu K;Sinicropi DV
我们报告了一种从福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE）组织中分离的人类总RNA中选择性去除丰富RNA（SDRNA）的方法，在此证明了从存档长达20年的临床FFPE组织RNA中去除核糖体和线粒体转录物。重要的是，SDRNA去除了98%的靶向RNA，同时保留了非靶向RNA的相对丰度谱，从而能够通过下一代测序对具有临床价值的存档组织标本进行常规全转录组分析。
We report a method for Selective Depletion of abundant RNA (SDRNA) species from Human total RNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tissue, here demonstrating removal of ribosomal and mitochondrial transcripts from clinical FFPE tissue RNA archived up to 20 years. Importantly, SDRNA removes 98% of targeted RNAs while preserving relative abundance profiles of non-targeted RNAs, enabling routine whole transcriptome analysis of clinically valuable archival tissue specimens by Next-Generation Sequencing.
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影响因子：
14.9
作者：
Wood HM;Belvedere O;Conway C;Daly C;Chalkley R;Bickerdike M;McKinley C;Egan P;Ross L;Hayward B;Morgan J;Davidson L;MacLennan K;Ong TK;Papagiannopoulos K;Cook I;Adams DJ;Taylor GR;Rabbitts P
通讯作者：
Rabbitts P
影响因子：
14.9
作者：
Zhulidov, PA;Bogdanova, EA;Shagin, DA
通讯作者：
Shagin, DA
影响因子：
4.1
作者：
MADEN, BEH;DENT, CL;WAKEMAN, JA
通讯作者：
WAKEMAN, JA
影响因子：
48
作者：
Cloonan, Nicole;Forrest, Alistair R. R.;Grimmond, Sean M.
通讯作者：
Grimmond, Sean M.
影响因子：
3.7
作者：
Beck AH;Weng Z;Witten DM;Zhu S;Foley JW;Lacroute P;Smith CL;Tibshirani R;van de Rijn M;Sidow A;West RB
通讯作者：
West RB