Observation of dually decoded regions of the human genome using ribosome profiling data.
Observation of dually decoded regions of the human genome using ribosome profiling data.
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DOI：
10.1101/gr.133249.111
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发表时间：
2012-11
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Baranov PV
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Michel AM;Choudhury KR;Firth AE;Ingolia NT;Atkins JF;Baranov PV
最近开发的核糖体分析技术 (Ribo-Seq) 可以以亚密码子精度绘制 mRNA 上核糖体翻译位置的图谱。当核糖体保护片段 (RPF) 与 mRNA 对齐时，就会显示出特征性的三联体周期性模式。我们利用RPF的三联体周期性开发了一种计算方法，用于检测在程序性核糖体移码过程中或在双编码区中发生的阅读框之间的转换，其中相同的核苷酸序列在不同的阅读框中编码多个蛋白质。将这种方法应用于从人类细胞获得的核糖体分析数据，使我们能够检测多个人类基因，其中相同的基因组片段在多个阅读框（来自不同的转录本以及来自相同的mRNA）中翻译，并揭示了迄今为止不可预测的编码开放阅读框的翻译。
The recently developed ribosome profiling technique (Ribo-Seq) allows mapping of the locations of translating ribosomes on mRNAs with subcodon precision. When ribosome protected fragments (RPFs) are aligned to mRNA, a characteristic triplet periodicity pattern is revealed. We utilized the triplet periodicity of RPFs to develop a computational method for detecting transitions between reading frames that occur during programmed ribosomal frameshifting or in dual coding regions where the same nucleotide sequence codes for multiple proteins in different reading frames. Application of this method to ribosome profiling data obtained for human cells allowed us to detect several human genes where the same genomic segment is translated in more than one reading frame (from different transcripts as well as from the same mRNA) and revealed the translation of hitherto unpredicted coding open reading frames.
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影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
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作者：
Lin, Michael F.;Kheradpour, Pouya;Kellis, Manolis
通讯作者：
Kellis, Manolis
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作者：
Bekaert, Michael;Firth, Andrew E.;Baranov, Pavel V.
通讯作者：
Baranov, Pavel V.
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作者：
Calfon, M;Zeng, HQ;Ron, D
通讯作者：
Ron, D
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作者：
Firth, AE;Brown, CM
通讯作者：
Brown, CM