New information content in RNA base pairing deduced from quantitative analysis of high-resolution structures.
New information content in RNA base pairing deduced from quantitative analysis of high-resolution structures.
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从高分辨率结构的定量分析中推导出 RNA 碱基配对的新信息内容。
DOI：
10.1016/j.ymeth.2008.12.003
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发表时间：
2009-03
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Lu, Xiang-Jun
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Olson, Wilma K.;Esguerra, Mauricio;Xin, Yurong;Lu, Xiang-Jun
关键词：
非规范碱基对在组织RNA复杂的三维折叠中起着重要作用。在这里，我们概述了用于分析已知RNA结构中相互作用碱基对的空间模式和从集体实验信息中重建模型的方法。我们重点研究了在一组良好分辨的晶体结构的螺旋片段中发现的最丰富的七种配对模式的结构背景和可变形性，包括（i-ii）典型的a·U和G·C沃森-克里克碱基对，（iii） G·U摆动对，（iv）剪切的G·a对，(v) a·U Hoogsteen对，（vi） U·U摆动对，（vii） G·a沃森-克里克样对。非规范对在明显的可变形性方面从规范组合中脱颖而出，通过用于描述相互作用碱基的空间排列的六个刚体参数、碱基对原子的均方根偏差以及氢键几何的波动来测量，它们跨越了更广泛的构象状态。变形能力、碱基对变形模式和发生的首选位置取决于序列。我们还描述了碱基对的定位和重叠，相对于在双螺旋片段中直接堆叠在它们上面和下面的碱基对。我们将观察到的碱基、碱基对和磷原子的位置纳入模型，以预测非规范相互作用对整体螺旋结构的影响。
Non-canonical base pairs play important roles in organizing the complex three-dimensional folding of RNA. Here, we outline methodology developed both to analyze the spatial patterns of interacting base pairs in known RNA structures and to reconstruct models from the collective experimental information. We focus attention on the structural context and deformability of the seven pairing patterns found in greatest abundance in the helical segments in a set of well-resolved crystal structures, including (i–ii) the canonical A·U and G·C Watson-Crick base pairs, (iii) the G·U wobble pair, (iv) the sheared G·A pair, (v) the A·U Hoogsteen pair, (vi) the U·U wobble pair, and (vii) the G·A Watson-Crick-like pair. The non-canonical pairs stand out from the canonical associations in terms of apparent deformability, spanning a broader range of conformational states as measured by the six rigid-body parameters used to describe the spatial arrangements of the interacting bases, the root-mean-square deviations of the base-pair atoms, and the fluctuations in hydrogen-bonding geometry. The deformabilties, the modes of base-pair deformation, and the preferred sites of occurrence depend on sequence. We also characterize the positioning and overlap of the base pairs with respect to the base pairs that stack immediately above and below them in double-helical fragments. We incorporate the observed positions of the bases, base pairs, and intervening phosphorus atoms in models to predict the effects of the non-canonical interactions on overall helical structure.
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影响因子：
14.9
作者：
Leontis, NB;Stombaugh, J;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
DOI：
10.1080/07391102.2006.10507108
发表时间：
2006-10-01
影响因子：
4.4
作者：
Das, Jhuma;Mukherjee, Shayantani;Bhattacharyya, Dhananjay
通讯作者：
Bhattacharyya, Dhananjay
影响因子：
5.6
作者：
GORIN, AA;ZHURKIN, VB;OLSON, WK
通讯作者：
OLSON, WK
影响因子：
5.6
作者：
Lee, JC;Gutell, RR
通讯作者：
Gutell, RR
影响因子：
3.4
作者：
BERMAN, HM;OLSON, WK;SCHNEIDER, B
通讯作者：
SCHNEIDER, B