EST comparison indicates 38% of human mRNAs contain possible alternative splice forms
EST comparison indicates 38% of human mRNAs contain possible alternative splice forms
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DOI：
10.1016/s0014-5793(00)01581-7
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发表时间：
2000-05-26
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Bork, P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Brett, D;Hanke, J;Bork, P
表达序列标签 (EST) 数据库代表了表达基因的大量信息，包括组织类型、表达谱和外显子结构。在这项研究中，我们创建了一个广泛的人类选择性剪接数据集。我们报告了 7867 个非冗余 mRNA 的分析，其中 3011 个包含替代剪接形式（占所有分析 mRNA 的 38%）。从总共 12572 个 EST 中检测到 4560 种不同的可能的选择性剪接形式。有趣的是，70% 的选择性剪接形式对应于只有 30% 的外显子插入的外显子缺失事件。我们通过实验验证了 20 个研究子集中 16 个基因的 19 种不同剪接形式；所有各自的基因都具有医学相关性。 (C) 2000 年欧洲生化学会联合会。
Expressed sequence tag (EST) databases represent a large volume of information on expressed genes including tissue type, expression profile and exon structure. In this study we create an extensive data set of human alternative splicing. We report the analysis of 7867 non-redundant mRNAs, 3011 of which contained alternative splice forms (38% of all mRNAs analysed). From a total of 12572 ESTs 4560 different possible alternative splice forms were detected. Interestingly, 70% of the alternative splice forms correspond to exon deletion events with only 30% exonic insertions. We experimentally verified 19 different splice forms from 16 genes in a total subset of 20 studied; all of the respective genes are of medical relevance. (C) 2000 Federation of European Biochemical Societies.