Compendium of human transcription factor effector domains.
Compendium of human transcription factor effector domains.
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DOI：
10.1016/j.molcel.2021.11.007
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发表时间：
2022-02-03
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Fuxman Bass JI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Soto LF;Li Z;Santoso CS;Berenson A;Ho I;Shen VX;Yuan S;Fuxman Bass JI
转录因子（TF）通过与DNA序列结合并通过其效应子结构域调节转录活性来调节基因表达。尽管在TF功能的效应域的中心作用，目前缺乏一个全面的资源和表征效应域。在这里，我们提供了一个目录的924效应域在594人TF。使用这个目录，我们的特点是效应结构域的氨基酸组成，它们在物种和整个人群中的保守性，以及它们在人类疾病中的作用。此外，我们提供了一个分类系统的效应域，构成了宝贵的资源和未来的TF效应域功能的实验研究的蓝图。
Transcription factors (TFs) regulate gene expression by binding to DNA sequences and modulating transcriptional activity through their effector domains. Despite the central role of effector domains in TF function, there is a current lack of a comprehensive resource and characterization of effector domains. Here, we provide a catalog of 924 effector domains across 594 human TFs. Using this catalog, we characterized the amino acid composition of effector domains, their conservation across species and across the human population, and their roles in human diseases. Further, we provide a classification system for effector domains that constitutes a valuable resource and a blueprint for future experimental studies of TF effector domain function.
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DOI：
10.15252/embj.201798896
发表时间：
2018-08-15
期刊：
The EMBO journal
影响因子：
--
作者：
Arnold CD;Nemčko F;Woodfin AR;Wienerroither S;Vlasova A;Schleiffer A;Pagani M;Rath M;Stark A
通讯作者：
Stark A
影响因子：
14.9
作者：
Frankish A;Diekhans M;Ferreira AM;Johnson R;Jungreis I;Loveland J;Mudge JM;Sisu C;Wright J;Armstrong J;Barnes I;Berry A;Bignell A;Carbonell Sala S;Chrast J;Cunningham F;Di Domenico T;Donaldson S;Fiddes IT;García Girón C;Gonzalez JM;Grego T;Hardy M;Hourlier T;Hunt T;Izuogu OG;Lagarde J;Martin FJ;Martínez L;Mohanan S;Muir P;Navarro FCP;Parker A;Pei B;Pozo F;Ruffier M;Schmitt BM;Stapleton E;Suner MM;Sycheva I;Uszczynska-Ratajczak B;Xu J;Yates A;Zerbino D;Zhang Y;Aken B;Choudhary JS;Gerstein M;Guigó R;Hubbard TJP;Kellis M;Paten B;Reymond A;Tress ML;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
DOI：
10.1073/pnas.2035253100
发表时间：
2003-10-14
影响因子：
11.1
作者：
Cantin, GT;Stevens, JL;Berk, AJ
通讯作者：
Berk, AJ
影响因子：
16
作者：
Erijman, Ariel;Kozlowski, Lukasz;Hahn, Steven
通讯作者：
Hahn, Steven
影响因子：
4.8
作者：
Hermann, S;Berndt, KD;Wright, AP
通讯作者：
Wright, AP