Probing the virus host interaction in high containment: an approach using pooled short hairpin RNA.
Probing the virus host interaction in high containment: an approach using pooled short hairpin RNA.
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探索高度遏制下的病毒宿主相互作用：一种使用混合短发夹 RNA 的方法。
DOI：
10.1089/adt.2014.613
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发表时间：
2015
影响因子：
1.8
通讯作者：
Connor,JohnH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Filone,ClaireMarie;Dower,Ken;Cowley,GlennS;Hensley,LisaE;Connor,JohnH
在高遏制病毒的研究提供了独特的挑战，技术密集的方法。这些方法包括小分子抗病毒药物的高通量筛选和病毒复制所需的宿主因子的基于遗传扰动的筛选。在这里，我们描述了使用全基因组规模汇集短发夹RNA（shRNA）库筛选病毒感染BSL 2所需的宿主因子，以及将该技术过渡到BSL 4环境中。合并筛选提供了一种独特的方式来规避与高遏制中的其他高通量筛选方法相关的许多技术挑战。我们的汇总筛查方法在能够实现直接筛查到随访方法的条件下确定了参与正痘病毒（牛痘和猴痘）和丝状病毒（埃博拉和马尔堡）复制的宿主因素。
The study of viruses in high containment offers unique challenges for technology-intense approaches. These approaches include high-throughput screening for small-molecule antivirals and genetic perturbation-based screens for host factors required for viral replication. Here, we describe the use of whole-genome scale pooled short hairpin RNA (shRNA) libraries to screen for host factors necessary for viral infection at BSL2, and the transition of this technique into the BSL4 environment. Pooled screening provides a unique way to circumvent many of the technological challenges associated with other high-throughput screening approaches in high containment. Our pooled screening approach identified host factors involved in the replication of orthopoxviruses (Vaccinia and Monkeypox) and filoviruses (Ebola and Marburg) under conditions that enable straightforward screen-to-follow-up approaches.
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DOI：
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发表时间：
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期刊：
影响因子：
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作者：
B. Snijder;Raphael Sacher;Pauli Ramö;P. Liberali;K. Mench;N. Wolfrum;L. Burleigh;C. Scott;M. H. Verheije;J. Mercer;S. Moese;T. Heger;Kristina Theusner;Andreas Jurgeit;D. Lamparter;G. Balistreri;Mario Schelhaas;C. D. de Haan;V. Marjomäki;T. Hyypiä;P. Rottier;B. Sodeik;M. Marsh;J. Gruenberg;A. Amara;U. Greber;A. Helenius;L. Pelkmans
通讯作者：
L. Pelkmans
影响因子：
7.5
作者：
Nickerson DP;Brett CL;Merz AJ
通讯作者：
Merz AJ
影响因子：
--
作者：
Panchal, Rekha G.;Kota, Krishna P.;Bavari, Sina
通讯作者：
Bavari, Sina
影响因子：
64.8
作者：
Karlas, Alexander;Machuy, Nikolaus;Meyer, Thomas F.
通讯作者：
Meyer, Thomas F.
影响因子：
2.8
作者：
Kesireddy, Venu;van der Ven, Peter F. M.;Fuerst, Dieter O.
通讯作者：
Fuerst, Dieter O.