dadi.CUDA: Accelerating Population Genetics Inference with Graphics Processing Units.
dadi.CUDA: Accelerating Population Genetics Inference with Graphics Processing Units.
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DOI：
10.1093/molbev/msaa305
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发表时间：
2021-05-04
影响因子：
10.7
通讯作者：
Gutenkunst RN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gutenkunst RN
dadi 是一个流行但计算密集型的程序，用于从群体遗传数据中推断人口历史和自然选择的模型。我证明，与 CPU 实现相比，在图形处理单元上运行 dadi 可以显着加快计算速度，同时将用户负担降至最低。受这种速度提升的激励，我还将 dadi 扩展到了四人座和五人座模型。此功能在 dadi 版本 2.1.0 中提供，https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/。
dadi is a popular but computationally intensive program for inferring models of demographic history and natural selection from population genetic data. I show that running dadi on a Graphics Processing Unit can dramatically speed computation compared with the CPU implementation, with minimal user burden. Motivated by this speed increase, I also extended dadi to four- and five-population models. This functionality is available in dadi version 2.1.0, https://bitbucket.org/gutenkunstlab/dadi/.
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影响因子：
4.5
作者：
Gutenkunst RN;Hernandez RD;Williamson SH;Bustamante CD
通讯作者：
Bustamante CD
影响因子：
7.7
作者：
Adrion, Jeffrey R.;Cole, Christopher B.;Kern, Andrew D.
通讯作者：
Kern, Andrew D.
DOI：
10.1534/g3.117.300103
发表时间：
2017-09-07
期刊：
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子：
--
作者：
Lawrie DS
通讯作者：
Lawrie DS
影响因子：
3.3
作者：
Kim BY;Huber CD;Lohmueller KE
通讯作者：
Lohmueller KE
影响因子：
2
作者：
Valero-Lara, Pedro;Martinez-Perez, Ivan;Pena, Antonio J.
通讯作者：
Pena, Antonio J.