DNA G-quadruplexes for native mass spectrometry in potassium: a database of validated structures in electrospray-compatible conditions.
DNA G-quadruplexes for native mass spectrometry in potassium: a database of validated structures in electrospray-compatible conditions.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkab039
复制
发表时间：
2021-02-26
影响因子：
14.9
通讯作者：
Gabelica V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ghosh A;Largy E;Gabelica V
G-四链体DNA结构已经成为有吸引力的药物靶标，并且天然质谱法可以提供药物结合化学计量和亲和力的详细表征，可能具有高通量。然而，G-四链体DNA多态性为解释配体筛选试验带来了问题。为了建立标准化的MS为基础的筛选试验，我们研究了28个序列与记录的NMR结构（通常为100 mM）钾，并在这里报告其圆二色性（CD），熔点（Tm），NMR光谱和电喷雾质谱在1 mM KCl/100 mM三甲基乙酸铵。基于这些结果，我们列出了在MS分析中采用与NMR报告相同结构的序列的短列表，并提供了将其用于基于MS的分析的建议。我们还构建了一个基于R的开源应用程序来构建和查询数据库，其中将来可以并入更多的序列。该应用程序自动处理大部分数据处理，并允许生成自定义图形和报告。该数据库包含在g4 dbr包中（https：//github.com/EricLarG4/g4dbr），可以在线浏览（https：//ericlar4.github.io/G4_database.html）。
G-quadruplex DNA structures have become attractive drug targets, and native mass spectrometry can provide detailed characterization of drug binding stoichiometry and affinity, potentially at high throughput. However, the G-quadruplex DNA polymorphism poses problems for interpreting ligand screening assays. In order to establish standardized MS-based screening assays, we studied 28 sequences with documented NMR structures in (usually ∼100 mM) potassium, and report here their circular dichroism (CD), melting temperature (Tm), NMR spectra and electrospray mass spectra in 1 mM KCl/100 mM trimethylammonium acetate. Based on these results, we make a short-list of sequences that adopt the same structure in the MS assay as reported by NMR, and provide recommendations on using them for MS-based assays. We also built an R-based open-source application to build and consult a database, wherein further sequences can be incorporated in the future. The application handles automatically most of the data processing, and allows generating custom figures and reports. The database is included in the g4dbr package (https://github.com/EricLarG4/g4dbr) and can be explored online (https://ericlarg4.github.io/G4_database.html).
登录
查看更多内容
DOI：
10.1007/s13361-018-2029-4
发表时间：
2018-11-01
影响因子：
3.2
作者：
Gabelica, Valerie;Livet, Sandrine;Rosu, Frederic
通讯作者：
Rosu, Frederic
影响因子：
15
作者：
Amrane, Samir;Adrian, Michael;Anh Tuan Phan
通讯作者：
Anh Tuan Phan
影响因子：
4.8
作者：
Kerkour, Abdelaziz;Marquevielle, Julien;Salgado, Gilmar F.
通讯作者：
Salgado, Gilmar F.
影响因子：
4.8
作者：
Karsisiotis, Andreas Ioannis;O'Kane, Christopher;da Silva, Mateus Webba
通讯作者：
da Silva, Mateus Webba
影响因子：
14.9
作者：
Gros J;Rosu F;Amrane S;De Cian A;Gabelica V;Lacroix L;Mergny JL
通讯作者：
Mergny JL