RefGenes: identification of reliable and condition specific reference genes for RT-qPCR data normalization.
RefGenes: identification of reliable and condition specific reference genes for RT-qPCR data normalization.
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DOI：
10.1186/1471-2164-12-156
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发表时间：
2011-03-21
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Zimmermann P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hruz T;Wyss M;Docquier M;Pfaffl MW;Masanetz S;Borghi L;Verbrugghe P;Kalaydjieva L;Bleuler S;Laule O;Descombes P;Gruissem W;Zimmermann P
RT-qPCR 是一种灵敏且越来越多使用的基因表达定量方法。为了标准化样品之间的 RT-qPCR 测量，大多数实验室使用内源参考基因作为内部对照。然而，越来越多的证据表明，常用参考基因的表达在某些情况下可能存在显着差异。使用归一化和注释良好的微阵列实验的 Genevestigator 数据库，我们描述了几种生物体转录组的表达稳定性特征。结果表明，a) 没有基因是普遍稳定的，b) 与整个转录组相比，最常用的参考基因产生非常高的转录本丰度，c) 对于每个生物背景，存在稳定基因的子集，其方差比常用的参考基因或因在所有条件下的稳定性而选择的基因具有更小的方差。因此，我们建议使用针对研究条件专门选择的参考基因对 RT-qPCR 数据进行标准化。 RefGenes 是为此目的开发的社区工具。对多种生物体进行的验证 RT-qPCR 实验表明，RefGenes 提出的候选基因总体上优于常用的参考基因。 RefGenes 可在 Genevestigator 中获取，网址为 http://www.genevestigator.com。
RT-qPCR is a sensitive and increasingly used method for gene expression quantification. To normalize RT-qPCR measurements between samples, most laboratories use endogenous reference genes as internal controls. There is increasing evidence, however, that the expression of commonly used reference genes can vary significantly in certain contexts. Using the Genevestigator database of normalized and well-annotated microarray experiments, we describe the expression stability characteristics of the transciptomes of several organisms. The results show that a) no genes are universally stable, b) most commonly used reference genes yield very high transcript abundances as compared to the entire transcriptome, and c) for each biological context a subset of stable genes exists that has smaller variance than commonly used reference genes or genes that were selected for their stability across all conditions. We therefore propose the normalization of RT-qPCR data using reference genes that are specifically chosen for the conditions under study. RefGenes is a community tool developed for that purpose. Validation RT-qPCR experiments across several organisms showed that the candidates proposed by RefGenes generally outperformed commonly used reference genes. RefGenes is available within Genevestigator at http://www.genevestigator.com.
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