Incomplete lineage sorting and phenotypic evolution in marsupials.
Incomplete lineage sorting and phenotypic evolution in marsupials.
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DOI：
10.1016/j.cell.2022.03.034
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发表时间：
2022-05-12
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Zhang, Guojie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Feng, Shaohong;Bai, Ming;Rivas-Gonzalez, Iker;Li, Cai;Liu, Shiping;Tong, Yijie;Yang, Haidong;Chen, Guangji;Xie, Duo;Sears, Karen E.;Franco, Lida M.;Gaitan-Espitia, Juan Diego;Nespolo, Roberto F.;Johnson, Warren E.;Yang, Huanming;Brandies, Parice A.;Hogg, Carolyn J.;Belov, Katherine;Renfree, Marilyn B.;Helgen, Kristofer M.;Boomsma, Jacobus J.;Schierup, Mikkel Heide;Zhang, Guojie
不完全谱系排序（ILS）使得祖先遗传多态性在快速物种形成事件中持续存在，从而导致基因树和物种树之间的不一致。 ILS 在许多谱系（包括原始人类）中具有复杂的系统发育推断。然而，我们缺乏 ILS 导致不一致表型变异的经验证据。在这里，我们进行了系统发育分析，结果表明南美 monito del monte 是所有澳大利亚有袋动物的姐妹谱系，尽管由于古代辐射期间的 ILS，其基因组超过 31% 的基因组比其他澳大利亚类群更接近双原齿类。整个基因组中普遍存在的相互冲突的系统发育信号与现存有袋动物的一些形态变异是一致的。我们检测到数百个在 ILS 期间经历随机固定的基因，在非姐妹物种中编码相同的氨基酸。通过功能实验，我们证实了 ILS 如何直接导致有袋动物快速物种形成过程中建立的形态特征的半发育。 60 毫亚。大多数有袋动物基因组都受到不完整谱系排序的影响，这导致后代物种具有独特的形态特征。通过深入的系统发育分析和体内验证，这些数据以高分辨率解析了有袋动物谱系，并表明 ILS 对系统发育关系的强烈影响。
Incomplete lineage sorting (ILS) makes ancestral genetic polymorphisms persist during rapid speciation events, inducing incongruences between gene trees and species trees. ILS has complicated phylogenetic inference in many lineages, including hominids. However, we lack empirical evidence that ILS leads to incongruent phenotypic variation. Here, we performed phylogenomic analyses to show that the South American monito del monte is the sister lineage of all Australian marsupials, although over 31% of its genome is closer to the Diprotodontia than to other Australian groups due to ILS during ancient radiation. Pervasive conflicting phylogenetic signals across the whole genome are consistent with some of the morphological variation among extant marsupials. We detected hundreds of genes that experienced stochastic fixation during ILS, encoding the same amino acids in non-sister species. Using functional experiments, we confirm how ILS may have directly contributed to hemiplasy in morphological traits that were established during rapid marsupial speciation ca. 60 mya. The majority of marsupial genomes are affected by incomplete lineage sorting, which causes unique morphological traits in descendant species. Through in-depth phylogenetic analyses and in vivo validation, these data resolve the marsupial lineage at high resolution and suggest a strong impact of ILS on phylogenic relationships.
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影响因子：
6.1
作者：
Bai, Ming;Beutel, Rolf Georg;Wipfler, Benjamin
通讯作者：
Wipfler, Benjamin
影响因子：
6.5
作者：
Duchene, David A.;Bragg, Jason G.;Eldridge, Mark D. B.
通讯作者：
Eldridge, Mark D. B.
影响因子：
1.7
作者：
Frankham, Greta J.;Temple-Smith, Peter D.
通讯作者：
Temple-Smith, Peter D.
DOI：
10.1111/j.1469-185x.2012.00240.x
发表时间：
2012-11
影响因子：
--
作者：
Dávalos LM;Cirranello AL;Geisler JH;Simmons NB
通讯作者：
Simmons NB
DOI：
10.1126/science.1258524
发表时间：
2015-01-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Fontaine MC;Pease JB;Steele A;Waterhouse RM;Neafsey DE;Sharakhov IV;Jiang X;Hall AB;Catteruccia F;Kakani E;Mitchell SN;Wu YC;Smith HA;Love RR;Lawniczak MK;Slotman MA;Emrich SJ;Hahn MW;Besansky NJ
通讯作者：
Besansky NJ