CHARMM-GUI supports the Amber force fields
CHARMM-GUI supports the Amber force fields
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DOI：
10.1063/5.0012280
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发表时间：
2020-07-21
影响因子：
4.4
通讯作者：
Im, Wonpil
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee, Jumin;Hitzenberger, Manuel;Im, Wonpil
作为我们正在努力支持CHARMM-GUI中的各种力场和模拟程序的一部分，这项工作介绍了FF转换器的开发，以在当前CHARMM-GUI工作流程中使用各种琥珀力场准备琥珀模拟输入。目前支持的Amber力场有ff14 SB/ff 19 SB（蛋白质）、Bsc 1（DNA）、OL 3（RNA）、GLYCAM 06（碳水化合物）、Lipid 17（脂质）、GAFF/GAFF 2（小分子）、TIP 3 P/TIP 4P-EW/OPC（水）和12-6-4离子，如果需要的话还会添加更多。这种新的CHARMM-GUI扩展的鲁棒性和有用性通过两个示例性系统证明：蛋白质/N-聚糖/配体/膜系统和蛋白质/DNA/RNA系统。目前，CHARMM-GUI仅支持琥珀色程序的琥珀色力场，但我们将扩展FF转换器功能，以支持其他支持琥珀色力场的模拟程序。
As part of our ongoing efforts to support diverse force fields and simulation programs in CHARMM-GUI, this work presents the development of FF-Converter to prepare Amber simulation inputs with various Amber force fields within the current CHARMM-GUI workflow. The currently supported Amber force fields are ff14SB/ff19SB (protein), Bsc1 (DNA), OL3 (RNA), GLYCAM06 (carbohydrate), Lipid17 (lipid), GAFF/GAFF2 (small molecule), TIP3P/TIP4P-EW/OPC (water), and 12-6-4 ions, and more will be added if necessary. The robustness and usefulness of this new CHARMM-GUI extension are demonstrated by two exemplary systems: a protein/N-glycan/ligand/membrane system and a protein/DNA/RNA system. Currently, CHARMM-GUI supports the Amber force fields only for the Amber program, but we will expand the FF-Converter functionality to support other simulation programs that support the Amber force fields.