PCS-based structure determination of protein-protein complexes.
PCS-based structure determination of protein-protein complexes.
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基于 PCS 的蛋白质-蛋白质复合物结构测定。
DOI：
10.1007/s10858-010-9401-4
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发表时间：
2010-04
影响因子：
2.7
通讯作者：
Inagaki F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Saio T;Yokochi M;Kumeta H;Inagaki F
提出了一种使用伪接触位移 (PCS) 和 1HN/15N 化学位移扰动进行蛋白质对接的简单快速核磁共振方法。 PCS 由顺磁性镧系元素离子诱导，该离子使用锚定在两个点的镧系元素结合肽标签附着到目标蛋白上。 PCS 提供了镧系元素离子和观察到的原子核之间的长程 (~40 Å) 距离和角度约束，而 1HN/15N 化学位移扰动数据提供了松散的接触表面信息。该方法的实用性通过 p62 PB1-PB1 复合物的结构测定得到证明，该复合物形成从前到后的 20 kDa 同源寡聚物。由于 p62 PB1 本质上不结合金属离子，因此将镧系元素结合肽标签连接到二聚体的一个亚基的两个锚定点上。每个单体都被视为刚体，并根据主链 PCS 和主链化学位移扰动数据进行对接。与基于 NOE 的结构测定不同，该方法只需要对主链 1HN/15N 信号和从多组二维 15N-异核单量子相干谱获得的 PCS 数据进行共振分配，从而有助于快速确定蛋白质-蛋白质复合物的结构。本文的在线版本 (doi:10.1007/s10858-010-9401-4) 包含补充材料，可供授权用户使用。
A simple and fast nuclear magnetic resonance method for docking proteins using pseudo-contact shift (PCS) and 1HN/15N chemical shift perturbation is presented. PCS is induced by a paramagnetic lanthanide ion that is attached to a target protein using a lanthanide binding peptide tag anchored at two points. PCS provides long-range (~40 Å) distance and angular restraints between the lanthanide ion and the observed nuclei, while the 1HN/15N chemical shift perturbation data provide loose contact-surface information. The usefulness of this method was demonstrated through the structure determination of the p62 PB1-PB1 complex, which forms a front-to-back 20 kDa homo-oligomer. As p62 PB1 does not intrinsically bind metal ions, the lanthanide binding peptide tag was attached to one subunit of the dimer at two anchoring points. Each monomer was treated as a rigid body and was docked based on the backbone PCS and backbone chemical shift perturbation data. Unlike NOE-based structural determination, this method only requires resonance assignments of the backbone 1HN/15N signals and the PCS data obtained from several sets of two-dimensional 15N-heteronuclear single quantum coherence spectra, thus facilitating rapid structure determination of the protein–protein complex. The online version of this article (doi:10.1007/s10858-010-9401-4) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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