Systems Analyses Reveal Shared and Diverse Attributes of Oct4 Regulation in Pluripotent Cells.
Systems Analyses Reveal Shared and Diverse Attributes of Oct4 Regulation in Pluripotent Cells.
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DOI：
10.1016/j.cels.2015.08.002
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发表时间：
2015-08-26
期刊：
影响因子：
9.3
通讯作者：
Buchholz F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ding L;Paszkowski-Rogacz M;Winzi M;Chakraborty D;Theis M;Singh S;Ciotta G;Poser I;Roguev A;Chu WK;Choudhary C;Mann M;Stewart AF;Krogan N;Buchholz F
我们结合联合收割机基因组规模的RNAi屏幕在小鼠外胚层干细胞（EpiSC）的遗传相互作用，蛋白定位，和“蛋白质水平依赖性”的研究-一个系统的技术，揭示转录后调控-描绘网络的因素，控制Oct 4的表达，一个关键的调节多能性。我们的数据表明，EpiSC与胚胎干细胞（ESC）中Oct 4调控存在相似性，但也存在根本差异。通过多参数数据分析，我们预测Tox 4与Paf 1C复合物相关联，该复合物在两种细胞类型中保持细胞身份，并验证这种蛋白质-蛋白质相互作用存在于ESC和EpiSC中。我们还鉴定了许多增加EpiSC中Oct 4表达的敲除，这表明与ESC形成鲜明对比的是，Oct 4在EpiSC中处于主动抑制控制之下。这些研究提供了一个框架，更好地理解多能性和解剖的分子事件，管理从植入前的植入后状态的过渡。
We combine a genome-scale RNAi screen in mouse epiblast stem cells (EpiSCs) with genetic interaction, protein localization, and “protein-level dependency” studies—a systematic technique that uncovers post-transcriptional regulation—to delineate the network of factors that control the expression of Oct4, a key regulator of pluripotency. Our data signify that there are similarities, but also fundamental differences in Oct4 regulation in EpiSCs versus embryonic stem cells (ESCs). Through multiparametric data analyses, we predict that Tox4 is associating with the Paf1C complex, which maintains cell identity in both cell types, and validate that this protein-protein interaction exists in ESCs and EpiSCs. We also identify numerous knockdowns that increase Oct4 expression in EpiSCs, indicating that, in stark contrast to ESCs, Oct4 is under active repressive control in EpiSCs. These studies provide a framework for better understanding pluripotency and for dissecting the molecular events that govern the transition from the pre-implantation to the post-implantation state.
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