Synthesis and polymerase bypass studies of DNA-peptide and DNA-protein conjugates.
Synthesis and polymerase bypass studies of DNA-peptide and DNA-protein conjugates.
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DNA肽和DNA-蛋白偶联物的合成和聚合酶旁路研究。
DOI：
10.1016/bs.mie.2021.09.005
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发表时间：
2021
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DNA - 肽交联物（DpCs）和DNA - 蛋白质交联物（DPCs）是当多肽或细胞蛋白质共价结合到基因组DNA上时形成的DNA损伤。DNA - 蛋白质交联物尺寸巨大，因此给DNA修复机制带来挑战，进而阻碍DNA复制。然而，DPCs可通过多种途径发生蛋白水解降解，生成较短的多肽链（DpCs）。这些DpC损伤可被诸如κ、η、δ等跨损伤合成（TLS）聚合酶有效绕过，不过绕过效率以及正确的碱基插入在很大程度上取决于DpCs中肽的大小、序列环境和位置。本章探究了合成这些损伤的各种方法，并详细介绍了通过还原胺化和肟连接构建DpCs和DPCs的步骤。此外，我们还描述了用于研究这些损伤对DNA聚合酶活性和保真性影响的生化实验。
DNA-peptide (DpCs) and DNA-protein cross-links (DPCs) are DNA lesions formed when the ploypeptides or cellular proteins get covalently trapped onto the genomic DNA. DNA-protein cross-links are of enormous size and hence pose challenges to the DNA repair machineries thereby blocking the DNA replication. However, DPCs can undergo proteolytic degradation via various pathways to give shorter polypeptide chains (DpCs). These DpC lesions are efficiently bypassed by TLS polymerases like κ, η, δ, etc, although the bypass efficiency as well as correct base insertion depends heavily on size, sequence context, and position of peptides in DpCs. This chapter explores various synthetic methods to synthesize these lesions and presents detailed procedures for the construction of DpCs and DPCs both via reductive amination as well as oxime ligation. Further we described biochemical experiments to investigate the effects of these lesions on DNA polymerase activity and fidelity.
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