Publishing 13C metabolic flux analysis studies: a review and future perspectives.
Publishing 13C metabolic flux analysis studies: a review and future perspectives.
复制标题
DOI：
10.1016/j.ymben.2013.08.005
复制
发表时间：
2013-11
影响因子：
8.4
通讯作者：
Antoniewicz MR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crown SB;Antoniewicz MR
13C-代谢通量分析(13C-MFA)是一种强大的基于模型的分析技术，可用于确定活细胞内的代谢通量。它已成为许多实验室量化细胞生理学的标准工具，例如代谢工程、系统生物学、生物技术和生物医学研究。随着每年发表的13C-MFA研究的数量不断增加，现在为开展和发表13C-MFA研究提供实用的指导方针比以往任何时候都更加重要，这样才不会因为出版物的数量增加而牺牲质量。本文件的主要目的是概述13C-MFA的良好做法，这些良好做法最终可用作出版13C-MFA研究的最低数据标准。开展这项工作的动机是双重的：(1)目前，研究人员和期刊编辑对于发表13C-MFA研究的最低数据标准没有达成普遍共识；因此，在质量和一致性方面存在很大差异；(2)由于这些出版物提供的信息不完整，越来越多的研究无法独立复制或核实。这造成了混乱，例如在试图调和相互矛盾的结果时，阻碍了实地的进展。在这里，我们回顾了13C-MFA领域的现状，并强调了与13C-MFA出版物有关的一些不足之处。然后，我们提出了一份清单，其中包括13C-MFA中的良好做法。我们希望这些指南将成为社区的宝贵资源，并允许13C-通量研究在未来更容易复制和被其他人访问。
13C-Metabolic flux analysis (13C-MFA) is a powerful model-based analysis technique for determining intracellular metabolic fluxes in living cells. It has become a standard tool in many labs for quantifying cell physiology, e.g. in metabolic engineering, systems biology, biotechnology, and biomedical research. With the increasing number of 13C-MFA studies published each year, it is now ever more important to provide practical guidelines for performing and publishing 13C-MFA studies so that quality is not sacrificed as the number of publications increases. The main purpose of this paper is to provide an overview of good practices in 13C-MFA, which can eventually be used as minimum data standards for publishing 13C-MFA studies. The motivation for this work is two-fold: (1) currently, there is no general consensus among researchers and journal editors as to what minimum data standards should be required for publishing 13C-MFA studies; as a result, there are great discrepancies in terms of quality and consistency; and (2) there is a growing number of studies that cannot be reproduced or verified independently due to incomplete information provided in these publications. This creates confusion, e.g. when trying to reconcile conflicting results, and hinders progress in the field. Here, we review current status in the 13C-MFA field and highlight some of the shortcomings with regards to 13C-MFA publications. We then propose a checklist that encompasses good practices in 13C-MFA. We hope that these guidelines will be a valuable resource for the community and allow 13C-flux studies to be more easily reproduced and accessed by others in the future.
登录
查看更多内容
影响因子：
--
作者：
Crown SB;Ahn WS;Antoniewicz MR
通讯作者：
Antoniewicz MR
影响因子：
8.4
作者：
Antoniewicz, Maciek R.;Kraynie, David F.;Stephanopoulos, Gregory
通讯作者：
Stephanopoulos, Gregory
影响因子：
4.4
作者：
Kleijn, Roelco J.;van Winden, Wouter A.;Heijnen, Joseph J.
通讯作者：
Heijnen, Joseph J.
影响因子：
8.4
作者：
Boghigian, Brett A.;Seth, Gargi;Pfeifer, Blaine A.
通讯作者：
Pfeifer, Blaine A.
解决乙梭状芽孢杆菌ATCC的TCA循环和五磷酸五磷酸途径824：同位素分析，体外活性和表达分析。
影响因子：
4.7
作者：
Crown SB;Indurthi DC;Ahn WS;Choi J;Papoutsakis ET;Antoniewicz MR
通讯作者：
Antoniewicz MR