Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger.
Structural basis for the unique multifaceted interaction of DPPA3 with the UHRF1 PHD finger.
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DOI：
10.1093/nar/gkac1082
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发表时间：
2022-11-28
影响因子：
14.9
通讯作者：
Arita K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hata K;Kobayashi N;Sugimura K;Qin W;Haxholli D;Chiba Y;Yoshimi S;Hayashi G;Onoda H;Ikegami T;Mulholland CB;Nishiyama A;Nakanishi M;Leonhardt H;Konuma T;Arita K
泛素样PHD和环指结构域蛋白1 （UHRF1）依赖的DNA甲基化对细胞增殖过程中维持细胞命运至关重要。发育多能性相关蛋白3 （Developmental pluripotency associated 3, DPPA3）是一种内在失调的蛋白，它特异性地与UHRF1相互作用，并通过抑制UHRF1染色质定位促进被动DNA去甲基化。然而，DPPA3如何与UHRF1相互作用和抑制的分子基础尚不清楚。我们旨在利用核磁共振技术确定小鼠UHRF1植物同源结构域（PHD）与DPPA3络合的结构。与PHD结构域的典型配体蛋白不同，UHRF1 PHD结合后，DPPA3中诱导的α-螺旋有助于稳定的复合物形成，并具有多方面的相互作用。结合界面的突变和DPPA3螺旋结构的展开抑制了与UHRF1的结合及其染色质定位。我们的研究结果为DPPA3抑制UHRF1的机制和特异性提供了结构性的见解。
Ubiquitin-like with PHD and RING finger domain-containing protein 1 (UHRF1)-dependent DNA methylation is essential for maintaining cell fate during cell proliferation. Developmental pluripotency-associated 3 (DPPA3) is an intrinsically disordered protein that specifically interacts with UHRF1 and promotes passive DNA demethylation by inhibiting UHRF1 chromatin localization. However, the molecular basis of how DPPA3 interacts with and inhibits UHRF1 remains unclear. We aimed to determine the structure of the mouse UHRF1 plant homeodomain (PHD) complexed with DPPA3 using nuclear magnetic resonance. Induced α-helices in DPPA3 upon binding of UHRF1 PHD contribute to stable complex formation with multifaceted interactions, unlike canonical ligand proteins of the PHD domain. Mutations in the binding interface and unfolding of the DPPA3 helical structure inhibited binding to UHRF1 and its chromatin localization. Our results provide structural insights into the mechanism and specificity underlying the inhibition of UHRF1 by DPPA3.
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作者：
CLORE, GM;DRISCOLL, PC;GRONENBORN, AM
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GRONENBORN, AM
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Bostick, Magnolia;Kim, Jong Kyong;Jacobsen, Steven E.
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作者：
Jain, Kanishk;Fraser, Caroline S.;Strahl, Brian D.
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Strahl, Brian D.
DOI：
10.1073/pnas.1203701109
发表时间：
2012-08-07
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BAX, A