BioServices: a common Python package to access biological Web Services programmatically.
BioServices: a common Python package to access biological Web Services programmatically.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt547
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发表时间：
2013-12-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Saez-Rodriguez J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cokelaer T;Pultz D;Harder LM;Serra-Musach J;Saez-Rodriguez J
动机：Web接口提供了对大量生物数据库的访问。由于有了Web服务，很多都可以通过编程的方式进行访问。构建将其中几个组合在一起的应用程序将受益于单个框架。结果：BioServices是一个全面的Python框架，提供对主要生物信息学Web服务（例如KEGG， UniProt, biommodels, ChEMBLdb）的编程访问。使用面向对象编程可以简化基于具象状态传输或简单对象访问协议/Web服务描述语言技术包装额外的Web服务。可用性和实现：在GPL-v3许可下，可以在http://pypi.python.org/pypi/bioservices上获得BioServices版本和文档。联系方式：cokelaer@ebi.ac.uk或bioservices@googlegroups.com补充信息：补充数据可在Bioinformatics在线获取。
Motivation: Web interfaces provide access to numerous biological databases. Many can be accessed to in a programmatic way thanks to Web Services. Building applications that combine several of them would benefit from a single framework. Results: BioServices is a comprehensive Python framework that provides programmatic access to major bioinformatics Web Services (e.g. KEGG, UniProt, BioModels, ChEMBLdb). Wrapping additional Web Services based either on Representational State Transfer or Simple Object Access Protocol/Web Services Description Language technologies is eased by the usage of object-oriented programming. Availability and implementation: BioServices releases and documentation are available at http://pypi.python.org/pypi/bioservices under a GPL-v3 license. Contact: cokelaer@ebi.ac.uk or bioservices@googlegroups.com Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
1.9
作者：
Karlsson J;Trelles O
通讯作者：
Trelles O
影响因子：
4.3
作者：
Bassi S
通讯作者：
Bassi S
影响因子：
9.5
作者：
Li, Chen;Courtot, Melanie;Laibe, Camille
通讯作者：
Laibe, Camille
影响因子：
14.9
作者：
Bhagat J;Tanoh F;Nzuobontane E;Laurent T;Orlowski J;Roos M;Wolstencroft K;Aleksejevs S;Stevens R;Pettifer S;Lopez R;Goble CA
通讯作者：
Goble CA