Performance of a Polymer-Based DNA Chip Platform in Detection and Genotyping of Human Papillomavirus in Clinical Samples
Performance of a Polymer-Based DNA Chip Platform in Detection and Genotyping of Human Papillomavirus in Clinical Samples
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基于聚合物的 DNA 芯片平台在临床样本中人乳头瘤病毒检测和基因分型中的性能
DOI：
10.1128/jcm.02080-08
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发表时间：
2009
影响因子：
9.4
通讯作者：
Rühe J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schenk T;Brandstetter T;zur Hausen A;Alt-Mörbe J;Huzly D.;Rühe J.
人乳头瘤病毒（HPV）在宫颈癌和喉癌的发生中起着关键作用。我们研究的目的是比较一种新的水凝胶为基础的HPV基因分型生物芯片检测（Biochip）的性能，以市售和CE标记的常规PCR，然后反向杂交（GenID-PCR）。123份样本可用于本研究。在这些样本中，101/123例为妇科拭子，8/123例为生殖器疣拭子或活检样本，7/123例为耳鼻咽喉病变活检样本，5/123例为皮肤疣样本，2/123例为口唇异常样本。这些HPV基因分型的分子方法显示出相当的灵敏度和特异性。然而，19/123的结果不一致。具体而言，生物芯片在检测多种感染方面表现出更好的性能，特别是当存在一种以上的高风险基因型时。由于两种检测方法中使用的探针配置不同，GenID-PCR只能对许多HPV基因型进行组特异性检测，而生物芯片可以进行特异性鉴定。总的来说，新开发的HPV芯片系统（生物芯片）被证明是一个合适的工具，HPV检测和基因分型;它也被证明是上级建立HPV基因分型方法。
Human papillomavirus (HPV) plays a key role in the development of cervical and laryngeal cancers. The aim of our study was to compare the performance of a new hydrogel-based HPV genotyping biochip assay (Biochip) to a commercially available and CE-marked conventional PCR followed by reverse hybridization (GenID-PCR). One hundred twenty-three samples were available for the study. Of these samples, 101/123 were gynecological swabs, 8/123 were swabs or biopsy samples of genital warts, 7/123 were biopsy samples of otorhinolaryngeal lesions, 5/123 were samples of skin warts, and 2/123 were samples of orolabial abnormalities. These molecular methods for HPV genotyping showed comparable sensitivity and specificity. However, 19/123 of the results were discrepant. Specifically, Biochip showed better performance in the detection of multiple infections, especially when more than one high-risk genotype was present. Due to the different probe configurations used in the two assays, GenID-PCR achieves only group-specific detection of many HPV genotypes, whereas Biochip allows for specific identification. Overall, the newly developed HPV chip system (Biochip) proved to be a suitable tool for HPV detection and genotyping; it also proved to be superior for establishing HPV genotyping methods.
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