Nanopore sequencing of single-cell transcriptomes with scCOLOR-seq.
Nanopore sequencing of single-cell transcriptomes with scCOLOR-seq.
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使用scCOLOR-seq的单细胞转录组的纳米孔测序。
DOI：
10.1038/s41587-021-00965-w
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发表时间：
2021-12
影响因子：
46.9
通讯作者：
Cribbs AP
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Philpott M;Watson J;Thakurta A;Brown T Jr;Brown T Sr;Oppermann U;Cribbs AP
在这里，我们描述了单细胞校正长读测序（scCOLOR-seq），它能够对条形码和独特的分子标识符寡核苷酸序列进行错误校正，并允许对单细胞进行独立的cDNA纳米孔测序。使用允许错误检测的二聚核苷酸结构单元合成条形码和独特分子标识符。我们举例说明使用的方法来评估条形码分配的准确性，在骨髓瘤细胞系中的差异异构体的使用，并在肉瘤细胞系中的融合转录检测。单细胞转录组用容错条形码准确测序。
Here we describe single-cell corrected long-read sequencing (scCOLOR-seq), which enables error correction of barcode and unique molecular identifier oligonucleotide sequences and permits standalone cDNA nanopore sequencing of single cells. Barcodes and unique molecular identifiers are synthesized using dimeric nucleotide building blocks that allow error detection. We illustrate the use of the method for evaluating barcode assignment accuracy, differential isoform usage in myeloma cell lines, and fusion transcript detection in a sarcoma cell line. Single-cell transcriptomes are accurately sequenced with error-tolerant barcodes.
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