Predicting RNA pseudoknot folding thermodynamics.
Predicting RNA pseudoknot folding thermodynamics.
复制标题
预测RNA伪折叠热力学。
DOI：
10.1093/nar/gkl346
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Chen, Shi-Jie
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao, Song;Chen, Shi-Jie
基于实验确定的RNA螺旋的原子坐标和多核苷酸环构象中金刚石晶格中P（磷酸盐）和C4（碳）原子的自回避行走，我们推导了一组RNA假结的构象熵参数。基于熵参数，我们建立了一个折叠热力学模型，使我们能够计算序列特异性RNA假结折叠的自由能景观和热力学。通过大量的实验验证了该模型的有效性，包括固有结构和折叠热力学。该模型预测了假结稳定性中的强序列依赖螺旋环竞争以及不同发夹和假结结构之间的构象转换。例如，对于人类端粒酶RNA的假结结构域，发现天然样和错误折叠的发夹中间体在（平衡）折叠途径上共存，这些中间体的稳定性之间的相互作用导致构象开关，这可能是人类端粒酶疾病的基础。
Based on the experimentally determined atomic coordinates for RNA helices and the self-avoiding walks of the P (phosphate) and C4 (carbon) atoms in the diamond lattice for the polynucleotide loop conformations, we derive a set of conformational entropy parameters for RNA pseudoknots. Based on the entropy parameters, we develop a folding thermodynamics model that enables us to compute the sequence-specific RNA pseudoknot folding free energy landscape and thermodynamics. The model is validated through extensive experimental tests both for the native structures and for the folding thermodynamics. The model predicts strong sequence-dependent helix-loop competitions in the pseudoknot stability and the resultant conformational switches between different hairpin and pseudoknot structures. For instance, for the pseudoknot domain of human telomerase RNA, a native-like and a misfolded hairpin intermediates are found to coexist on the (equilibrium) folding pathways, and the interplay between the stabilities of these intermediates causes the conformational switch that may underlie a human telomerase disease.
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影响因子：
5.6
作者：
Andronescu, M;Zhang, ZC;Condon, A
通讯作者：
Condon, A
影响因子：
5.6
作者：
Cao, S;Chen, SJ
通讯作者：
Chen, SJ
影响因子：
4.5
作者：
Cao, S;Chen, SJ
通讯作者：
Chen, SJ
DOI：
10.1073/pnas.262663599
发表时间：
2002-12-24
影响因子：
11.1
作者：
Comolli, LR;Smirnov, I;James, TL
通讯作者：
James, TL
DOI：
10.1073/pnas.0506166102
发表时间：
2005-09-06
影响因子：
11.1
作者：
Cornish, PV;Hennig, M;Giedroc, DP
通讯作者：
Giedroc, DP