Yeast protein-protein interaction binding sites: prediction from the motif-motif, motif-domain and domain-domain levels
Yeast protein-protein interaction binding sites: prediction from the motif-motif, motif-domain and domain-domain levels
复制标题
酵母蛋白质-蛋白质相互作用结合位点：从基序-基序、基序-结构域和结构域-结构域水平进行预测
DOI：
10.1039/c0mb00038h
复制
发表时间：
2010-01-01
影响因子：
--
通讯作者：
Lin, Kui
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pang, Erli;Lin, Kui
相互作用的蛋白质可以在三个不同的水平上相互接触：通过一个结构域与另一个结构域的结合，通过一个结构域与短蛋白质基序的结合，或通过一个基序与另一个基序的结合。在我们之前的工作中，我们提出了一种通过使用简单的统计分析对比高质量正相互作用和高质量非相互作用来预测酵母相互作用组的基序-基序结合位点的方法。在这里，我们将这一想法扩展到更全面地推断结合位点，包括域-域、域-基序和基序-基序相互作用。在这项研究中，我们整合了经历 13 531 次高质量相互作用的 2854 个酵母蛋白和经历 578 459 次高质量非相互作用的 3491 个酵母蛋白。总体而言，我们发现了 6315 个重要的结合位点对，涉及 2371 个结构域和 637 个基序。使用 iPfam、DIP CORE 和 MIPS 进行基准测试，我们推断的结果是可靠的。有趣的是，我们预测的一些结合位点对可能（至少在酵母基因组中）指导研究人员通过诱变或其他实验来分析新的蛋白质-蛋白质相互作用。我们的工作表明，通过基于高质量的阳性和阴性数据集，在结合域-域、域-基序和基序-基序水平的聚合水平上推断重要的蛋白质-蛋白质结合位点，该方法可能能够识别介导蛋白质-蛋白质相互作用的结合位点对。
Interacting proteins can contact with each other at three different levels: by a domain binding to another domain, by a domain binding to a short protein motif, or by a motif binding to another motif. In our previous work, we proposed an approach to predict motif-motif binding sites for the yeast interactome by contrasting high-quality positive interactions and high-quality non-interactions using a simple statistical analysis. Here, we extend this idea to more comprehensively infer binding sites, including domain-domain, domain-motif, and motif-motif interactions. In this study, we integrated 2854 yeast proteins that undergo 13 531 high-quality interactions and 3491 yeast proteins undergoing 578 459 high-quality non-interactions. Overall, we found 6315 significant binding site pairs involving 2371 domains and 637 motifs. Benchmarked using the iPfam, DIP CORE, and MIPS, our inferred results are reliable. Interestingly, some of our predicted binding site pairs may, at least in the yeast genome, guide researchers to assay novel protein-protein interactions by mutagenesis or other experiments. Our work demonstrates that by inferring significant protein-protein binding sites at an aggregate level combining domain-domain, domain-motif and motif-motif levels based on high-quality positive and negative datasets, this method may be capable of identifying the binding site pairs that mediate protein-protein interactions.