Data-deposition protocols for correlative soft X-ray tomography and super-resolution structured illumination microscopy applications.
Data-deposition protocols for correlative soft X-ray tomography and super-resolution structured illumination microscopy applications.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2020.100253
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发表时间：
2021-03-19
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kleywegt GJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Iudin A;Sarkans U;Koronfel MA;Fish T;Dobbie I;Harkiolaki M;Patwardhan A;Kleywegt GJ
该协议说明了必要的步骤，存款相关的三维冷冻成像数据的冷冻结构照明显微镜和冷冻软X射线断层扫描与欧洲生物信息学研究所的生物研究和EMPIAR沉积数据库。目前有一个真实的需要一个强大的数据存储方法，以确保不受阻碍的访问和独立验证相关的光和X射线显微镜数据，以允许使用在进一步的比较研究，教育活动，和数据挖掘。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。将CLXM数据存入EMBL-EBI档案的分步指南阐明了有效图像共享和重复使用的技术元数据要求来自U2 OS细胞中呼肠孤病毒感染研究的CLXM数据集的示例存入本方案说明了从冷冻结构照明显微镜和冷冻软X射线显微镜存款相关3D冷冻成像数据所需的步骤。射线断层扫描与欧洲生物信息学研究所的BioStudies和EMPIAR沉积数据库。目前有一个真实的需要一个强大的数据存储方法，以确保不受阻碍的访问和独立验证相关的光和X射线显微镜数据，以允许使用在进一步的比较研究，教育活动，和数据挖掘。
This protocol illustrates the steps necessary to deposit correlated 3D cryo-imaging data from cryo-structured illumination microscopy and cryo-soft X-ray tomography with the BioStudies and EMPIAR deposition databases of the European Bioinformatics Institute. There is currently a real need for a robust method of data deposition to ensure unhindered access to and independent validation of correlative light and X-ray microscopy data to allow use in further comparative studies, educational activities, and data mining. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. Step-by-step guide for CLXM data deposition to EMBL-EBI archives Establishes technical metadata requirements for efficient image sharing and reuse Example deposition of CLXM dataset from a study of reovirus infection in U2OS cells This protocol illustrates the steps necessary to deposit correlated 3D cryo-imaging data from cryo-structured illumination microscopy and cryo-soft X-ray tomography with the BioStudies and EMPIAR deposition databases of the European Bioinformatics Institute. There is currently a real need for a robust method of data deposition to ensure unhindered access to and independent validation of correlative light and X-ray microscopy data to allow use in further comparative studies, educational activities, and data mining.
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影响因子：
48
作者：
Ellenberg J;Swedlow JR;Barlow M;Cook CE;Sarkans U;Patwardhan A;Brazma A;Birney E
通讯作者：
Birney E
影响因子：
2.2
作者：
Duke, Elizabeth M. H.;Razi, Minoo;Weston, Anne;Guttmann, Peter;Werner, Stephan;Henzler, Katja;Schneider, Gerd;Tooze, Sharon A.;Collinson, Lucy M.
通讯作者：
Collinson, Lucy M.
影响因子：
64.5
作者：
Kounatidis, Ilias;Stanifer, Megan L.;Harkiolaki, Maria
通讯作者：
Harkiolaki, Maria
影响因子：
9.8
作者：
Wilkinson MD;Dumontier M;Aalbersberg IJ;Appleton G;Axton M;Baak A;Blomberg N;Boiten JW;da Silva Santos LB;Bourne PE;Bouwman J;Brookes AJ;Clark T;Crosas M;Dillo I;Dumon O;Edmunds S;Evelo CT;Finkers R;Gonzalez-Beltran A;Gray AJ;Groth P;Goble C;Grethe JS;Heringa J;'t Hoen PA;Hooft R;Kuhn T;Kok R;Kok J;Lusher SJ;Martone ME;Mons A;Packer AL;Persson B;Rocca-Serra P;Roos M;van Schaik R;Sansone SA;Schultes E;Sengstag T;Slater T;Strawn G;Swertz MA;Thompson M;van der Lei J;van Mulligen E;Velterop J;Waagmeester A;Wittenburg P;Wolstencroft K;Zhao J;Mons B
通讯作者：
Mons B
影响因子：
5.6
作者：
HENDERSON, R;BALDWIN, JM;DOWNING, KH
通讯作者：
DOWNING, KH