RATTLE: reference-free reconstruction and quantification of transcriptomes from Nanopore sequencing.
RATTLE: reference-free reconstruction and quantification of transcriptomes from Nanopore sequencing.
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DOI：
10.1186/s13059-022-02715-w
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发表时间：
2022-07-08
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
纳米孔测序使得能够有效且无偏地测量转录组。目前用于转录物鉴定和定量的方法依赖于将读段映射到参考基因组，这排除了对具有部分或缺失参考的物种的研究，或鉴定不容易从参考中鉴定的疾病特异性转录物。我们提出了RATTLE，一种仅使用Nanopore读取进行无参考重建和定量转录本的工具。使用模拟数据和实验数据从同种型穗，人体组织和细胞系，我们表明，RATTLE准确地确定转录序列和它们的丰度，并表现出良好的可扩展性与转录本的数量。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-022-02715-w获得。
Nanopore sequencing enables the efficient and unbiased measurement of transcriptomes. Current methods for transcript identification and quantification rely on mapping reads to a reference genome, which precludes the study of species with a partial or missing reference or the identification of disease-specific transcripts not readily identifiable from a reference. We present RATTLE, a tool to perform reference-free reconstruction and quantification of transcripts using only Nanopore reads. Using simulated data and experimental data from isoform spike-ins, human tissues, and cell lines, we show that RATTLE accurately determines transcript sequences and their abundances, and shows good scalability with the number of transcripts. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-022-02715-w.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
4.6
作者：
Hsieh, Ping-Han;Oyang, Yen-Jen;Chen, Chien-Yu
通讯作者：
Chen, Chien-Yu
影响因子：
4.4
作者：
Pinskaya, Marina;Saci, Zohra;Morillon, Antonin
通讯作者：
Morillon, Antonin
影响因子：
1.7
作者：
Sahlin, Kristoffer;Medvedev, Paul
通讯作者：
Medvedev, Paul
影响因子：
9.2
作者：
Bushmanova, Elena;Antipov, Dmitry;Prjibelski, Andrey D.
通讯作者：
Prjibelski, Andrey D.