Magnetic bead processor for rapid evaluation and optimization of parameters for phosphopeptide enrichment.
Magnetic bead processor for rapid evaluation and optimization of parameters for phosphopeptide enrichment.
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DOI：
10.1021/ac9004452
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发表时间：
2009-06-01
影响因子：
7.4
通讯作者：
Marto, Jarrod A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ficarro, Scott B.;Adelmant, Guillaume;Tomar, Maria N.;Zhang, Yi;Cheng, Vincent J.;Marto, Jarrod A.
磷酸化的定性和定量分析仍然是一个重要的和具有挑战性的实验范式在蛋白质组学为基础的研究。不幸的是，研究人员面临的困难固有的复杂，多变量的方法和它们的应用程序来分析罕见的，往往是实验难处理的磷酸化肽的优化。在这里，我们描述了一个平台的基础上操纵的磁珠在96孔格式，有利于快速评估所需的实验参数富集磷酸肽。优化的方法提供了自动富集和随后的LC-MS/MS检测50 μg细胞裂解物中超过1000种独特的磷酸肽（~1% FDR）。此外，我们证明了使用这个平台来鉴定来源于通过SDS-PAGE分离的蛋白质的磷酸肽，并在银染色的检测限附近可视化。
Qualitative and quantitative analysis of phosphorylation continues to be both an important and challenging experimental paradigm in proteomics-based research. Unfortunately researchers face difficulties inherent to the optimization of complex, multivariable methods and their application to the analysis of rare and often experimentally intractable phosphorylated peptides. Here we describe a platform based on manipulation of magnetic beads in a 96-well format that facilitates rapid evaluation of experimental parameters required for enrichment of phosphopeptides. Optimized methods provided for automated enrichment and subsequent LC-MS/MS detection of over 1000 unique phosphopeptides (~1% FDR) from 50 μg of cell lysates. In addition we demonstrate use of this platform for identification of phosphopeptides derived from proteins separated by SDS-PAGE and visualized near the detection limit of silver staining.
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