Ultrasensitive single-cell proteomics workflow identifies >1000 protein groups per mammalian cell.
Ultrasensitive single-cell proteomics workflow identifies >1000 protein groups per mammalian cell.
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超敏感的单细胞蛋白质组学工作流识别每个哺乳动物细胞> 1000个蛋白质基团。
DOI：
10.1039/d0sc03636f
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发表时间：
2020-11-17
期刊：
影响因子：
8.4
通讯作者：
Kelly RT
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cong Y;Motamedchaboki K;Misal SA;Liang Y;Guise AJ;Truong T;Huguet R;Plowey ED;Zhu Y;Lopez-Ferrer D;Kelly RT
我们报告了nanodroplet样品制备，超低流量nanoLC，高场不对称离子迁移谱（FAIMS）和最新一代Orbitrap Eclipse Tribrid质谱仪的组合，用于大大改善单细胞蛋白质组分析。FAIMS有效地过滤出单电荷离子，用于多电荷肽的更有效的MS分析，导致在没有MS1水平特征匹配的情况下从单个HeLa细胞中鉴定出平均1056个蛋白质组。这是2.3倍以上的鉴定比没有FAIMS和一个更大的水平的蛋白质组覆盖单个哺乳动物细胞比以前报道的无标记的研究。来自人类脊髓组织的单个微切运动神经元和中间神经元的差异分析表明蛋白质组覆盖水平相似，并且基于单细胞无标记定量，细胞的两个亚群容易区分。nanodroplet样品制备、超低流量nanoLC、高场不对称离子迁移谱（FAIMS）和最新一代质谱仪器的组合提供了显著改进的单细胞蛋白质组分析。
We report on the combination of nanodroplet sample preparation, ultra-low-flow nanoLC, high-field asymmetric ion mobility spectrometry (FAIMS), and the latest-generation Orbitrap Eclipse Tribrid mass spectrometer for greatly improved single-cell proteome profiling. FAIMS effectively filtered out singly charged ions for more effective MS analysis of multiply charged peptides, resulting in an average of 1056 protein groups identified from single HeLa cells without MS1-level feature matching. This is 2.3 times more identifications than without FAIMS and a far greater level of proteome coverage for single mammalian cells than has been previously reported for a label-free study. Differential analysis of single microdissected motor neurons and interneurons from human spinal tissue indicated a similar level of proteome coverage, and the two subpopulations of cells were readily differentiated based on single-cell label-free quantification. The combination of nanodroplet sample preparation, ultra-low-flow nanoLC, high-field asymmetric ion mobility spectrometry (FAIMS) and latest-generation mass spectrometry instrumentation provides dramatically improved single-cell proteome profiling.
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