A computational framework for the inference of protein complex remodeling from whole-proteome measurements.
A computational framework for the inference of protein complex remodeling from whole-proteome measurements.
复制标题
DOI：
10.1038/s41592-023-02011-w
复制
发表时间：
2023-10
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Aebersold, Ruedi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Buljan, Marija;Banaei-Esfahani, Amir;Blattmann, Peter;Meier-Abt, Fabienne;Shao, Wenguang;Vitek, Olga;Tang, Hua;Aebersold, Ruedi
蛋白质复合体负责大多数细胞功能的设定。为了蛋白质复合体的形成和功能，其亚基通常需要以确定的定量比例存在。通常，蛋白质复合体组成的全球变化是通过实验方法来评估的，这种方法往往很耗时。在这里，我们开发了一种基于对定量蛋白质组测量的亚基比率的系统评估来检测改变的蛋白质复合体的计算算法。我们将其应用于对乳腺癌细胞系和患者活检组织的测量，并能够在更具侵袭性的癌症中识别HDAC2表观遗传复合体的强烈重塑。提出的算法以R包的形式提供，通过从自下而上的蛋白质组数据集中提取功能相关的信息来推断蛋白质复合体状态的变化。AlteredPQR是一种软件工具，以R包的形式提供，用于从全细胞或组织裂解蛋白质组测量中推断蛋白质功能模块的重构。
Protein complexes are responsible for the enactment of most cellular functions. For the protein complex to form and function, its subunits often need to be present at defined quantitative ratios. Typically, global changes in protein complex composition are assessed with experimental approaches that tend to be time consuming. Here, we have developed a computational algorithm for the detection of altered protein complexes based on the systematic assessment of subunit ratios from quantitative proteomic measurements. We applied it to measurements from breast cancer cell lines and patient biopsies and were able to identify strong remodeling of HDAC2 epigenetic complexes in more aggressive forms of cancer. The presented algorithm is available as an R package and enables the inference of changes in protein complex states by extracting functionally relevant information from bottom-up proteomic datasets. AlteredPQR is a software tool, available as an R package, to infer remodeling of protein functional modules from whole-cell or tissue lysate proteomic measurements.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Kamburov A;Stelzl U;Lehrach H;Herwig R
通讯作者：
Herwig R
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Piñero J;Bravo À;Queralt-Rosinach N;Gutiérrez-Sacristán A;Deu-Pons J;Centeno E;García-García J;Sanz F;Furlong LI
通讯作者：
Furlong LI
影响因子：
2.9
作者：
Muntel, Jan;Gandhi, Tejas;Reiter, Lukas
通讯作者：
Reiter, Lukas
DOI：
10.1073/pnas.1006737107
发表时间：
2010-06-29
影响因子：
11.1
作者：
Farias, Eduardo F.;Petrie, Kevin;Waxman, Samuel
通讯作者：
Waxman, Samuel