Refined QTLs of osteoporosis-related traits by linkage analysis with genome-wide SNPs: Framingham SHARe.
Refined QTLs of osteoporosis-related traits by linkage analysis with genome-wide SNPs: Framingham SHARe.
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DOI：
10.1016/j.bone.2010.01.001
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发表时间：
2010-04
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Demissie S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Karasik D;Dupuis J;Cho K;Cupples LA;Zhou Y;Kiel DP;Demissie S
使用高密度单核苷酸多态性 (SNP) 阵列的全基因组关联研究 (GWAS) 提供了一种公正的策略来识别骨质疏松症的新候选基因。我们使用来自 Affymetrix 500K+50K SNP GeneChip 标记集的常染色体 SNP 子集来检查与弗雷明汉骨质疏松症研究的两代人中多个高度遗传性骨质疏松症相关特征的遗传连锁，包括髋部和脊柱的 BMD、足跟超声（声衰减和声速）以及髋部的几何指数。使用标准化残差（根据女性的年龄、身高、BMI 和雌激素状态进行调整）进行方差分量连锁分析。多点连锁分析产生的 LOD 评分≥ 3.0，第 9 号和第 11 号染色体（chr.）上的 BMD 以及第 11 号染色体（chr.）上的超声声速的 LOD 评分≥ 3.0。 5. 髋部几何特征与较高的 LOD 分数相关，例如与轴宽度有关。 4（LOD = 3.9）和chr。 16 (LOD = 3.8)，轴截面模数为 chr。 22（LOD = 4.0）。股骨颈宽度的 LOD 评分≥ 5.0。 7. 总之，通过基于 SNP 的连锁方法，我们确定了几个新的潜在 QTL，并确认了先前确定的与骨量和几何形状相关的染色体区域。随后对这些精细区域的遗传多态性谱的关注可能有助于发现易患骨质疏松症的变异。
Genome-wide association studies (GWAS) using high-density array of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) offer an unbiased strategy to identify new candidate genes for osteoporosis. We used a subset of autosomal SNPs from the Affymetrix 500K+50K SNP GeneChip marker set to examine genetic linkage with multiple highly heritable osteoporosis-related traits, including BMD of the hip and spine, heel ultrasound (attenuation and speed of sound), and geometric indices of the hip, in two generations from the Framingham Osteoporosis Study. Variance component linkage analysis was performed using normalized residuals (adjusted for age, height, BMI, and estrogen status in women). Multipoint linkage analyses produced LOD scores ≥ 3.0 for BMD on chromosomes (chr.) 9 and 11, and for ultrasound speed of sound on chr. 5. Hip geometric traits were linked with higher LOD scores, such as with Shaft Width on chr. 4 (LOD = 3.9) and chr. 16 (LOD = 3.8), and with Shaft section modulus on chr. 22 (LOD = 4.0). LOD score ≥ 5.0 was obtained for femoral Neck Width on chr. 7. In conclusion, with a SNP-based linkage approach, we identified several novel potential QTLs and confirmed previously identified chromosomal regions linked to bone mass and geometry. Subsequent focus on the spectrum of genetic polymorphisms in these refined regions may contribute to finding variants predisposing to osteoporosis.
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