BoardION: real-time monitoring of Oxford Nanopore sequencing instruments.
BoardION: real-time monitoring of Oxford Nanopore sequencing instruments.
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DOI：
10.1186/s12859-021-04161-0
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发表时间：
2021-05-13
影响因子：
3
通讯作者：
Engelen S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bruno A;Aury JM;Engelen S
牛津纳米孔技术 (ONT) 的主要优势之一是可以进行实时测序。这样可以在实验期间访问信息，并允许控制测序或在获得结果后停止测序。然而，ONT测序接口不足以深入探索测序数据的质量，现有的质量控制工具也没有充分利用实时数据流。在此，我们推出了 BoardION，这是一个交互式 Web 应用程序，用于分析 ONT 测序运行的效率。 BoardION 的交互式界面允许用户轻松探索测序指标并优化实验过程中生成的数据的数量和质量。它还可以比较多个流通池以评估文库制备方案或输入样品的质量。 BoardION 致力于管理 ONT 测序仪器的人员，使他们能够远程实时监控实验并比较多个测序运行。源代码、Docker 镜像和演示版本可在 http://www.genscope.cns.fr/boardion/ 获取。
One of the main advantages of the Oxford Nanopore Technology (ONT) is the possibility of real-time sequencing. This gives access to information during the experiment and allows either to control the sequencing or to stop the sequencing once the results have been obtained. However, the ONT sequencing interface is not sufficient to explore the quality of sequencing data in depth and existing quality control tools do not take full advantage of real-time data streaming. Herein, we present BoardION, an interactive web application to analyze the efficiency of ONT sequencing runs. The interactive interface of BoardION allows users to easily explore sequencing metrics and optimize the quantity and the quality of the data generated during the experiment. It also enables the comparison of multiple flowcells to assess library preparation protocols or the quality of input samples. BoardION is dedicated to people who manage ONT sequencing instruments and allows them to remotely and in real time monitor their experiments and compare multiple sequencing runs. Source code, a Docker image and a demo version are available at http://www.genoscope.cns.fr/boardion/.
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影响因子：
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作者：
Jain M;Olsen HE;Paten B;Akeson M
通讯作者：
Akeson M
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作者：
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作者：
Sessegolo, Camille;Cruaud, Corinne;Aury, Jean-Marc
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Aury, Jean-Marc
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Jain M;Koren S;Miga KH;Quick J;Rand AC;Sasani TA;Tyson JR;Beggs AD;Dilthey AT;Fiddes IT;Malla S;Marriott H;Nieto T;O'Grady J;Olsen HE;Pedersen BS;Rhie A;Richardson H;Quinlan AR;Snutch TP;Tee L;Paten B;Phillippy AM;Simpson JT;Loman NJ;Loose M
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Loose M
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作者：
Euskirchen, Philipp;Bielle, Franck;Idbaih, Ahmed
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Idbaih, Ahmed