Sequence comparison by sequence harmony identifies subtype-specific functional sites.
Sequence comparison by sequence harmony identifies subtype-specific functional sites.
复制标题
序列和谐的序列比较识别亚型特异性功能位点。
DOI：
10.1093/nar/gkl901
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Heringa J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pirovano W;Feenstra KA;Heringa J
多序列比对通常用于揭示蛋白质家族中功能重要的残基。它们对于鉴定决定蛋白质亚家族之间功能差异的关键残基特别有用。我们提出了一种新的基于熵的方法，序列和谐（SH），准确地检测从多序列比对的亚家族特定的位置。SH算法实现了一种新的公式，能够以简单的方式在直观的尺度上对亚科之间的组成差异进行评分，而不施加保护。我们比较我们的方法与最重要的出版的方法，即AMAS，TreeDet和SDP-pred，使用三个充分研究的蛋白质家族：受体结合结构域（MH 2）的Smad家族的转录因子，Ras超家族的小GTP酶和MIP家族的完整的膜转运蛋白。我们证明，SH准确地选择已知的功能网站，这些测试用例的覆盖率比其他方法更高。这表明蛋白质亚家族之间的组成差异为鉴定功能位点提供了充分的基础。此外，SH选择了一些功能未知的位点，这些位点可能是进一步实验研究的有趣候选者。
Multiple sequence alignments are often used to reveal functionally important residues within a protein family. They can be particularly useful for the identification of key residues that determine functional differences between protein subfamilies. We present a new entropy-based method, Sequence Harmony (SH) that accurately detects subfamily-specific positions from a multiple sequence alignment. The SH algorithm implements a novel formula, able to score compositional differences between subfamilies, without imposing conservation, in a simple manner on an intuitive scale. We compare our method with the most important published methods, i.e. AMAS, TreeDet and SDP-pred, using three well-studied protein families: the receptor-binding domain (MH2) of the Smad family of transcription factors, the Ras-superfamily of small GTPases and the MIP-family of integral membrane transporters. We demonstrate that SH accurately selects known functional sites with higher coverage than the other methods for these test-cases. This shows that compositional differences between protein subfamilies provide sufficient basis for identification of functional sites. In addition, SH selects a number of sites of unknown function that could be interesting candidates for further experimental investigation.
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